使用说明

项目简介

SCMCP (Scanpy Model Context Protocol Server) 是一个基于模型上下文协议 (Model Context Protocol, MCP) 构建的应用后端。它旨在为单细胞 RNA 测序 (scRNA-Seq) 数据分析提供自然语言接口，使得用户可以通过自然语言指令，利用大型语言模型 (LLM) 客户端来执行 scRNA-Seq 数据分析任务。SCMCP 服务器集成了 Scanpy 这一强大的单细胞分析工具包，将 Scanpy 的功能以 MCP 协议标准化的方式暴露给 LLM 客户端。

主要功能点

数据输入/输出 (IO): 支持读取和写入多种 scRNA-Seq 数据格式，包括 '.h5ad'、10x Genomics MTX 格式和文本文件等。
预处理 (Preprocessing): 提供 scRNA-Seq 数据预处理的常用功能，如细胞和基因过滤、质量控制指标计算、数据标准化、对数转换、PCA 降维、高变基因选择、批次效应校正等。
分析工具 (Tools): 集成 scRNA-Seq 数据分析的核心工具，包括 PCA、UMAP 和 t-SNE 等降维方法，Leiden 和 Louvain 聚类算法，以及差异基因表达分析等。
可视化 (Plotting): 支持生成多种 scRNA-Seq 数据可视化图表，例如 PCA 散点图、UMAP 图、小提琴图、热图、点图等，帮助用户直观地理解和探索数据。

安装步骤

使用 pip 安装 'scmcp' 包:
```
pip install scmcp
```

服务器配置

SCMCP 服务器旨在与 MCP 客户端协同工作。为了连接到 SCMCP 服务器，您需要在 MCP 客户端中配置服务器信息。以下是两种常用的配置方式：

本地运行 (stdio 传输)

如果您在本地运行 SCMCP 服务器并使用标准输入输出 (stdio) 传输协议，请在 MCP 客户端中添加如下服务器配置：

{
  "mcpServers": {
    "scmcp": {
      "command": "scmcp",  // 启动 SCMCP 服务器的命令
      "args": [
        "run"  // 命令参数，'run' 表示以 stdio 模式启动服务器
      ]
    }
  }
}

远程运行 (SSE 传输)

如果您需要在远程服务器上运行 SCMCP 服务器，并使用服务器发送事件 (SSE) 传输协议，请进行如下配置：

首先，在远程服务器上启动 SCMCP 服务器，指定使用 SSE 传输和端口号（例如 8000）：

scmcp run --transport sse --port 8000

然后，在 MCP 客户端中配置连接信息：

{
  "mcpServers": {
    "scmcp-sse": {
      "command": "scmcp",
      "args": [
        "run",
        "--transport", "sse",  // 指定使用 SSE 传输协议
        "--port", "8000"       // 设置 SSE 服务器端口为 8000
      ]
    }
  }
}

同时，您需要在 MCP 客户端中配置服务器端点 URL，以便客户端可以通过网络连接到远程 SCMCP 服务器。假设服务器地址为 'http://your_server_ip:8000'，则端点 URL 配置如下：

http://your_server_ip:8000/sse

基本使用方法

安装 SCMCP 服务器。
配置您的 MCP 客户端，根据本地或远程运行的需求，选择 stdio 或 SSE 传输方式，并填入相应的服务器配置信息。
在终端中运行 'scmcp run' 命令启动 SCMCP 服务器（对于 SSE 传输，使用 'scmcp run --transport sse --port 8000'）。
在 MCP 客户端中，您可以使用自然语言指令调用 SCMCP 服务器提供的各种 scRNA-Seq 数据分析工具和可视化功能。例如，您可以发送指令 "Read data file named 'data.h5ad'" 来加载数据，或 "Generate a UMAP plot colored by cluster labels" 来进行可视化分析。

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