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项目简介
- 本仓库实现基于 MCP（Model Context Protocol）的后端服务器，聚合多家生物医药数据库的工具和资源，提供统一与分 API 的访问入口，以及对工具的注册、执行和上下文渲染能力，面向将 AI/LLM 客户端接入的场景。
主要功能点
- 资源托管与数据访问：整合各类生物医学数据库工具，提供统一的数据获取入口。
- 工具注册与执行：为每个 API 提供大量工具，且支持集中化的统一端口以及独立端口访问，工具通过 JSON-RPC 调用。
- Prompt 模板与交互：提供可渲染的提示模板，支持 LLM 与外部工具的协作。
- 传输与会话：基于 MCP 的 Streamable HTTP/SSE/WebSocket 等传输，具备会话管理和能力声明能力。
- 安全与扩展：Sentry 集成、可选 API-key 参数、无状态代理模式，支持新增 API 的快速接入。
安装步骤
- 克隆仓库并创建虚拟环境。
- 安装依赖（如 Python 包）并准备运行环境。
- 直接运行：将启动脚本暴露的 FastAPI/Starlette 应用挂载到 HTTP 服务端，默认端口 8000。
- 生产化部署：可使用 Docker/Docker Compose 或常用的 Python WSGI/ASGI 部署方式，结合 uvicorn 启动。
服务器配置（MCP 客户端连接信息，JSON 格式，示例说明）
- MCP 客户端需要连接的统一端点通常为统一的 MCP 服务器 URL，示例配置如下（JSON，仅用于说明，不作为代码块呈现）： { "server_name": "medical-apis-unified", "command": "uvicorn", "args": ["medical_mcps.http_server:app", "--host", "0.0.0.0", "--port": "8000"] }
- 连接地址（示例，实际部署请按运行环境填写）:
  - 统一入口： http://<host>:8000/tools/unified/mcp
  - 单独 API 入口示例： http://<host>:8000/tools/reactome/mcp、http://<host>:8000/tools/kegg/mcp 等
- 如果需要使用生产环境中的各 API 子服务，请按照需要启动单独端口或统一端口进行部署，确保端口不冲突。
基本使用方法
- 连接方式：MCP 客户端通过 HTTP 请求对 MCP 服务器的 /mcp 端点进行 JSON-RPC 调用，传入 method 为 tools/call，params 中包含 tool 的名称及参数。
- 常见调用示例（JSON-RPC 格式，直接照抄发送即可）：
  - 调用某个工具（示例：查询 UniProt 基因信息） { "jsonrpc": "2.0", "method": "tools/call", "params": { "name": "uniprot_get_protein", "arguments": { "accession": "P00520" } }, "id": 1 }
- 响应：服务器返回标准 MCP 结构的 JSON-RPC 响应，工具输出通常包含 "data"、"metadata" 等字段，以及在数据层面的具体结果。
其他要点
- 本仓库实现了统一 FastMCP hub 与各 API 的单独服务器，支持多种传输与会话管理，具备安全性与可扩展性设计。
- 对 OMIM、NCI 等需要 API Key 的接口在客户端传入参数中携带安全鉴权信息，MCP 服务器本身不持久化密钥。
运行与监控
- 服务器日志包含请求、响应与错误信息，可结合 Sentry 进行错误追踪与性能监控。
- 通过环境变量可开启/关闭缓存、Sentry、以及 API Key 等安全相关设置。
参考端点
- 统一端点：https://<域名>/tools/unified/mcp
- Reactome 端点：https://<域名>/tools/reactome/mcp
- KEGG 端点：https://<域名>/tools/kegg/mcp
- UniProt 端点：https://<域名>/tools/uniprot/mcp
- 以及其他 API 的对应端点（OpenTargets、PubMed、OpenFDA、MyVariant、NCI、NodeNorm、EveryCure KG 等）

Medical MCP 服务器集合（生物医药 API 集成与统一工具端点）

服务器信息