项目简介

'decoupler-mcp' 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的服务器端应用，它将流行的单细胞RNA测序分析工具 'decoupler' 的功能封装起来，通过标准化的MCP接口提供给支持MCP的AI客户端、插件或代理框架。用户和开发者可以通过自然语言或结构化的请求，调用服务器端的单细胞分析能力，无需直接编写复杂的生物信息学代码。

主要功能点

数据输入/输出: 能够读取和写入单细胞RNA测序数据文件。
活性推断: 支持推断细胞通路或转录因子的活性得分。
数据分析: 提供聚类、差异表达分析等常用的单细胞数据处理工具。
结果可视化: 支持生成如UMAP、小提琴图等多种可视化图表。

安装步骤

要使用 decoupler-mcp 服务器，首先需要在您的服务器或本地环境中安装它。通过pip安装非常简单：

pip install decoupler-mcp

服务器配置

MCP服务器通常由MCP客户端启动或连接。您需要在您的MCP客户端中配置 decoupler-mcp 服务器的信息。以下是两种常见的配置方式：

本地启动配置

如果 decoupler-mcp 安装在与您的MCP客户端相同的机器上，并且您希望客户端自动启动它，可以使用以下配置：

{
  "mcpServers": {
    "decoupler-mcp": {
      "command": "decoupler-mcp",  // 指定启动服务器的可执行命令
      "args": ["run"]            // 指定启动服务器所需的参数，"run"表示以Stdio传输协议运行
      // "comment": "此配置用于在本地启动 decoupler-mcp 服务器" // 可选注释
    }
  }
}

请确保 'decoupler-mcp' 命令在系统的PATH中，或者在此处提供完整的命令路径。

远程连接配置

如果 decoupler-mcp 运行在另一台服务器上，并配置为通过HTTP/SSE等网络协议提供服务，您的MCP客户端需要通过URL连接。首先在服务器上按如下方式启动 decoupler-mcp (示例使用HTTP，端口8000)：

decoupler-mcp run --transport shttp --port 8000

然后在您的本地MCP客户端中进行如下配置：

{
  "mcpServers": {
    "decoupler-mcp-remote": {
      "url": "http://服务器地址或IP:8000/mcp" // 指定远程服务器的访问URL
      // "comment": "此配置用于连接远程运行的 decoupler-mcp 服务器" // 可选注释
    }
  }
}

将 '服务器地址或IP' 替换为实际运行 decoupler-mcp 服务器的机器地址。

基本使用方法

配置完成后，在支持MCP的AI客户端或代理中，您就可以通过与服务器交互来执行单细胞RNA测序分析任务了。例如，您可以通过自然语言提出“读取数据文件 'sample.h5ad'”，或者让AI代理调用特定的工具，如“推断转录因子活性”或“对细胞进行聚类”。具体的交互方式取决于您使用的MCP客户端界面。

更多详细信息和高级用法，请参考 scmcphub 的官方文档：https://docs.scmcphub.org。

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