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蛋白质信息UniProt生物信息学蛋白质序列蛋白质功能

UniProt MCP Server 使用说明

项目简介

UniProt MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的后端服务器，旨在为大型语言模型 (LLM) 客户端提供访问 UniProt 蛋白质数据库的接口。通过此服务器，AI 助手可以便捷地获取蛋白质的功能和序列信息，从而在生物信息学相关的任务中增强其上下文理解和处理能力。

主要功能点

  • 获取蛋白质信息：根据 UniProt 登录号 (Accession number) 查询单个蛋白质的详细信息。
  • 批量查询：支持一次性查询多个蛋白质的信息。
  • 缓存机制：内置缓存系统，缓存有效期为 24 小时，提高数据访问效率，减少 API 调用延迟。
  • 错误处理：具备完善的错误处理机制和日志记录，帮助用户诊断和解决问题。
  • 信息内容丰富：返回的蛋白质信息包括蛋白质名称、功能描述、完整序列、序列长度和所属物种等关键信息。

安装步骤

  1. 环境准备：确保已安装 Python 3.10 或更高版本。
  2. 克隆仓库：使用 'git clone https://github.com/MCP-Mirror/TakumiY235_uniprot-mcp-server.git' 命令克隆仓库到本地。
  3. 进入目录：使用 'cd uniprot-mcp-server' 命令进入仓库目录。
  4. 安装依赖：
    • 推荐使用 'uv pip install -r requirements.txt' 命令安装依赖（uv 是一个更快的 Python 包安装工具）。
    • 或者使用 'pip install -r requirements.txt' 命令安装依赖。

服务器配置

要将 UniProt MCP Server 集成到 Claude Desktop 等 MCP 客户端，您需要配置客户端的 MCP 服务器设置。以 Claude Desktop 为例，您需要编辑其配置文件（'claude_desktop_config.json'），通常位于：

  • Windows: '%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json'
  • macOS: '~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json'
  • Linux: '~/.config/Claude/claude_desktop_config.json'

在配置文件中，找到 '"mcpServers"' 部分，并添加 UniProt 服务器的配置信息。配置信息是一个 JSON 对象，包含以下字段：

  • '"server name"': 为服务器指定一个名称，例如 '"uniprot"'。这个名称将在客户端中用于引用该服务器。
  • '"command"': 启动服务器的命令。根据仓库信息，推荐使用 'uv' 或 'python'。
  • '"args"': 启动命令的参数列表。

以下是一个配置示例，您需要根据实际情况修改 'command' 和 'args' 中的路径：

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

参数说明:

  • '"uniprot"': 服务器名称，可以自定义。
  • '"command": "uv"': 指定使用 'uv' 命令运行。如果您的环境中没有 'uv'，可以替换为 '"command": "python"'。
  • '"args": [...]' : 命令参数列表：
    • '"--directory", "path/to/uniprot-mcp-server"': 指定服务器代码所在的目录。 请将 '"path/to/uniprot-mcp-server"' 替换为 UniProt MCP Server 仓库在您本地的实际路径。
    • '"run"': 运行命令，根据 'uv' 或 'python -m' 的使用习惯选择。
    • '"uniprot-mcp-server"': 指定要运行的模块或脚本名称。 如果使用 'python' 作为 'command'， 并且希望直接运行 'server.py' 文件，可以将 '"args"' 修改为 '["path/to/uniprot-mcp-server/src/uniprot_mcp_server/server.py"]'，并相应调整 '--directory' 参数。

注意: 请务必将 '"path/to/uniprot-mcp-server"' 替换为您本地 UniProt MCP Server 仓库的绝对路径或相对路径，确保客户端能够找到并启动服务器。

基本使用方法

完成服务器配置后，您可以在 MCP 客户端（如 Claude Desktop）中使用以下方式与 UniProt MCP Server 交互：

  • 查询单个蛋白质信息: 在客户端中，您可以提出类似以下的问题： 
    请获取 UniProt 登录号为 P98160 的蛋白质信息。
  • 批量查询蛋白质信息: 您可以一次性查询多个蛋白质的信息： 
    请获取并比较 UniProt 登录号为 P04637 和 P02747 的蛋白质信息。

客户端会将这些自然语言问题转换为对 MCP 服务器工具的调用，UniProt MCP Server 将会处理这些请求，并返回结构化的蛋白质信息给客户端。

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