UniProt MCP Server 使用说明

项目简介

UniProt MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的服务器，旨在为 AI 助手提供访问 UniProt 蛋白质数据库的接口。通过此服务器，AI 助手可以便捷地查询蛋白质的功能描述、氨基酸序列、所属物种等详细信息，从而增强其在生物信息学领域的知识和服务能力。

主要功能点

蛋白质信息查询: 根据 UniProt 蛋白质 accession number（访问号）获取蛋白质的详细信息。
批量查询: 支持一次性查询多个蛋白质的信息，提高数据获取效率。
缓存机制: 内置缓存系统，对查询结果进行24小时缓存，减少重复请求，提升响应速度。
详细信息: 返回的蛋白质信息包括蛋白质名称、功能描述、完整氨基酸序列、序列长度以及所属物种。

安装步骤

安装 Python: 确保您的计算机上已安装 Python 3.10 或更高版本。

克隆仓库: 使用 git 命令克隆 UniProt MCP Server 仓库到本地：

git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
cd uniprot-mcp-server

安装依赖: 使用 uv (推荐) 或 pip 安装项目依赖：

# 使用 uv (推荐)
uv pip install -r requirements.txt

# 或使用 pip
pip install -r requirements.txt

服务器配置

要将 UniProt MCP Server 集成到支持 MCP 协议的客户端（例如 Claude Desktop），您需要编辑客户端的配置文件。以 Claude Desktop 为例，您需要修改其配置文件 'claude_desktop_config.json'，添加 UniProt MCP Server 的配置信息。

配置文件路径：

Windows: '%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json'
macOS: '~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json'
Linux: '~/.config/Claude/claude_desktop_config.json'

配置内容 (请将 'path/to/uniprot-mcp-server' 替换为您的实际仓库路径):

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
      // command: 启动服务器的命令，这里使用 uv (需已安装 uv 并添加到环境变量), 也可以是 python 或 pipx
      // args:   启动命令的参数，
      //   --directory:  指定 UniProt MCP Server 仓库的路径，请替换为实际路径
      //   run uniprot-mcp-server: 运行名为 uniprot-mcp-server 的服务
    }
  }
}

注意:

如果您没有安装 'uv'，可以将 'command' 修改为 'python' 或 'pipx run'，并相应调整 'args' 参数。例如，使用 'python' 时，'args' 可以设置为 '["-m", "uniprot_mcp_server.server"]'。
确保配置文件的路径正确，并根据您的实际环境修改 'path/to/uniprot-mcp-server'。

基本使用方法

完成服务器配置后，您可以在支持 MCP 协议的客户端中，通过自然语言指令调用 UniProt MCP Server 提供的工具。

示例 (在 Claude Desktop 中):

查询单个蛋白质信息:

Can you get the protein information for UniProt accession number P98160?

批量查询蛋白质信息:

Can you get and compare the protein information for both P04637 and P02747?

客户端会将这些指令转换为对 UniProt MCP Server 的工具调用请求，服务器会返回相应的蛋白质信息，客户端即可利用这些信息进行后续处理或呈现给用户。

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