关键词

scRNA-Seq分析单细胞数据自然语言接口Scanpy生物信息学

项目简介

Scanpy MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的应用后端，专为单细胞 RNA 测序 (scRNA-Seq) 分析软件 Scanpy 设计。它旨在通过标准化的 MCP 协议，为 LLM 客户端提供 Scanpy 的强大分析能力，使用户能够以自然语言指令驱动 Scanpy 进行复杂的数据分析和可视化操作。

主要功能点

  • 数据管理与访问: 支持读取和写入多种 scRNA-Seq 数据格式，包括 'h5ad', '10x mtx', '10x h5' 等，方便用户进行数据导入导出。
  • 丰富的分析工具: 内置 Scanpy 常用预处理、分析和可视化工具，涵盖细胞/基因过滤、质量控制、标准化、降维 (PCA, UMAP, t-SNE)、聚类 (Leiden, Louvain)、差异基因表达分析等核心功能。
  • 自然语言驱动: 通过 MCP 协议与客户端通信，接收自然语言指令，并转化为对 Scanpy 功能的调用，实现自然语言控制的单细胞数据分析流程。
  • 模块化设计: 采用模块化设计，可按需加载 'io', 'pp', 'tl', 'pl', 'util' 等不同功能模块，灵活定制服务器功能。

安装步骤

  1. 确保您的 Python 环境已配置完成。
  2. 使用 pip 包管理器安装 'scanpy-mcp' 包： 
    pip install scanpy-mcp

服务器配置

为了让 MCP 客户端能够连接到 Scanpy MCP Server，您需要在客户端中进行服务器配置。以下是典型的 JSON 格式配置信息，您需要在 MCP 客户端的服务器配置部分 (通常是 'mcpServers') 添加类似配置：

{
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": ["run"]
  }
}

配置参数说明:

  • 'server name': 'scanpy-mcp' (服务器在客户端中显示和引用的名称，可以自定义)
  • 'command': 'scmcp' (启动 Scanpy MCP Server 的命令，安装 'scanpy-mcp' 包后即可使用)
  • 'args': '["run"]' (传递给 'scmcp' 命令的参数，'run' 参数指示服务器启动运行)

基本使用方法

  1. 启动服务器: 在终端或命令行界面中，运行 'scmcp run' 命令启动 Scanpy MCP Server。
  2. 客户端连接: 在支持 MCP 协议的客户端软件（例如 Cherry Studio, Cline, Agno 等）中，按照客户端的指引添加并连接到名为 'scanpy-mcp' 的服务器。
  3. 自然语言交互: 在客户端中使用自然语言描述您的分析需求，例如 "read h5ad file named data.h5ad", "perform pca", "plot umap colored by cluster"。Scanpy MCP Server 将解析这些指令，并调用 Scanpy 相应的工具进行数据分析和可视化，并将结果返回给客户端。

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