Rosetta KIC MCP 服务器

关键词

循环肽建模Rosetta KIC作业管理JSON-RPCLLM 集成

使用说明（Markdown 格式）

  • 项目简介

    • 该项目实现一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，提供循环肽相关的分析与计算工具，向大型语言模型（LLM）客户端以标准化的 JSON-RPC 交互方式提供资源、工具与提示模板。核心目标是为 LLM 应用提供可托管的资源、可注册并执行的工具，以及可渲染的 Prompt 模板，支持会话管理、能力声明和多传输协议。

  • 主要功能点

    • 资源管理：托管输入数据、结果和脚本等资源，支持读取和查询。
    • 工具注册与执行：提供结构预测、闭环、KIC 辅助循环建模等工具的提交、查询、取消和状态管理等能力。
    • Prompt 模板与交互：定义与渲染用于 LLM 的提示模板，支持定制化交互模式。
    • MCP 协议实现与通信：通过 JSON-RPC 风格的请求/响应进行通信，Server 端负责会话管理、能力声明和任务调度。
    • 多传输与扩展性：设计考虑支持多种传输模式与可扩展的后端能力。
    • 作业队列与日志：对长期任务进行排队、追踪、获取日志与结果。

  • 安装步骤

    • 克隆仓库并进入项目目录
    • 安装依赖（示例，结合仓库中的 README 与脚本可执行性）：fastmcp、loguru、rdkit、Biopython、PyRosetta（可选）等
    • 启动 MCP 服务器（示例命令，需在具体环境中替换路径）：
      • 通过 FastMCP 启动 DEV 模式，运行 server.py：fastmcp dev src/server.py
      • 也可在 Claude Code/Gemini 等环境中按需注册服务器，参照仓库提供的使用说明进行配置
    • 验证服务器是否按 MCP 规范暴露工具，并可被客户端调用

  • 服务器配置（供 MCP 客户端参考，不属于客户端代码） 说明：MCP 客户端需要的配置通常以 JSON 形式提供，包含服务器名称、启动命令和参数。以下为结构性描述，确保准确对接仓库实现：

    • 服务器名称：rosetta-kic-mcp
    • command：你的 Python 解释器路径（例如你在虚拟环境中的 python 解释器路径）
    • args：包含服务器脚本路径的数组，例如 src/server.py
    • 注释：该配置用于 Claude Code、Gemini 等客户端注册服务器。客户端本身不需要实现，仅需根据该描述提供可执行的启动命令和脚本路径即可。
    • 结构示例（描述性说明，不直接给出代码）：
      • mcpServers: { "rosetta-kic-mcp": { "command": "<你的 Python 解释器路径>", "args": ["<仓库根目录>/src/server.py"] } }

  • 基本使用方法

    • 启动服务器后，客户端（如 Claude Code/Gemini）可以通过 MCP 请求来查询可用工具、提交作业、查询作业状态、获取结果和日志。
    • 常见操作包括：查看服务器信息、提交 cyclic peptide closure、提交结构预测、查询作业状态、获取结果、查看日志等。
    • 如需开发者快速验证，可以在本地环境按 README 的指引测试脚本和工具。

  • 备注

    • 该实现已经包含服务器端的工具注册、作业管理和多工具支持等核心能力，符合 MCP 服务器实现的基本要件。

服务器信息

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