关键词

分子可视化结构生物学PyMOLClaude AI自然语言控制

使用说明

项目简介

PyMOL MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器实现，旨在连接 PyMOL 和大型语言模型 (LLM)，例如 Claude AI。通过这个服务器，用户可以使用自然语言指令，直接在 Claude AI 中控制 PyMOL 进行分子可视化、结构分析等操作，极大地提升了生物结构研究和分子建模的交互体验。

主要功能点

  • 自然语言控制PyMOL: 允许用户使用自然语言指令，通过 Claude AI 操控 PyMOL 软件。
  • 分子可视化: 支持通过自然语言指令控制分子的显示方式、颜色、视角等，实现直观的分子结构观察。
  • 结构分析: 能够执行结构测量、比对、距离计算等分析操作，并将结果反馈给用户。
  • PyMOL 代码执行: 支持执行任意 PyMOL 命令，扩展了 LLM 对 PyMOL 功能的控制能力。
  • 双向通信: 通过 Socket 协议实现 Claude AI 与 PyMOL 之间的双向通信，保证指令的实时执行和结果反馈。

安装步骤

  1. 安装前提条件: 确保已安装 PyMOL, Claude Desktop, Python 3.10 或更高版本，以及 Git。
  2. 安装 UV 包管理器: 根据您的操作系统，按照仓库 README.md 文件中的步骤安装 UV 包管理器。
    • macOS: 运行 'brew install uv'
    • Windows: 运行 'powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"'
  3. 克隆仓库: 在终端或命令提示符中执行 'git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp' 并进入 'pymol-mcp' 目录。
  4. 设置 Python 虚拟环境:
    • 创建虚拟环境: 'python -m venv venv'
    • 激活虚拟环境:
      • macOS/Linux: 'source venv/bin/activate'
      • Windows: 'venv\Scripts\activate'
  5. 安装依赖: 在激活的虚拟环境中运行 'pip install mcp'。
  6. 安装 PyMOL 插件:
    • 启动 PyMOL 软件。
    • 点击菜单 "Plugin" -> "Plugin Manager"。
    • 选择 "Install New Plugin" 选项卡。
    • 点击 "Choose file..." 并导航至克隆的 'pymol-mcp' 仓库目录。
    • 选择 'pymol-mcp-socket-plugin/init.py' 文件并点击 "Open" 安装插件。

服务器配置

要将 PyMOL MCP Server 集成到 Claude Desktop 中，您需要编辑 Claude 的配置文件 'claude_desktop_config.json'，并添加以下 MCP 服务器配置信息。请根据您的实际安装路径修改 'command' 和 'args' 字段。

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[venv 虚拟环境 Python 解释器完整路径]",
      "args": ["[pymol_mcp_server.py 脚本完整路径]"]
    }
  }
}

配置参数说明:

  • 'server name': 'pymol' (服务器名称，在 Claude Desktop 中用于标识连接，用户可自定义)
  • 'command': Python 解释器路径。请填写您在步骤 4 中创建的虚拟环境中的 Python 解释器的完整路径。例如：
    • macOS: '/Users/用户名/pymol-mcp/venv/bin/python'
    • Windows: 'C:/Users/用户名/pymol-mcp/venv/Scripts/python' (注意使用正斜杠 '/')
  • 'args': 'pymol_mcp_server.py' 脚本路径。请填写 'pymol_mcp_server.py' 脚本的完整路径。例如：
    • macOS: '/Users/用户名/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py'
    • Windows: 'C:/Users/用户名/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py' (注意使用正斜杠 '/')

基本使用方法

  1. 启动 PyMOL 插件:
    • 启动 PyMOL 软件。
    • 点击菜单 "Plugin" -> "PyMOL MCP Socket Plugin"。
    • 点击 "Start Listening" 按钮。插件状态应显示 "Listening on port 9876"。
  2. 连接 Claude Desktop: 确保已按照 "服务器配置" 步骤配置 Claude Desktop。启动 Claude Desktop 后，您应该能在聊天界面的工具栏中看到一个锤子图标，表示 PyMOL 工具已准备就绪。
  3. 使用自然语言指令: 在 Claude Desktop 中，您可以使用自然语言向 PyMOL 发送指令，例如：
    • "Load PDB 1UBQ and display it as cartoon" (加载 PDB 文件 1UBQ 并以卡通形式显示)
    • "Color the protein by secondary structure" (根据二级结构给蛋白质着色)
    • "Show sticks representation for active site residues" (以棍状形式显示活性位点残基)

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分类

桌面与硬件

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