PRISM MCP 服务器

关键词

模型上下文服务JSON-RPC资源托管工具执行Prompts

使用说明（Markdown 格式）

  • 项目简介

    • PRISM MCP 服务器将 PRISM 的资源、工具和提示模板对接到 MCP 协议之上，提供标准化的 JSON-RPC 接口，便于 LLM 客户端（如 Claude、其他具备 MCP 客户端的系统）按照统一协议调用资源、执行工具、获取 Prompts 并接收响应。
    • 服务器通过 prism/mcp_server.py 启动，内部注册了多个子模块（如环境检测、构建、分析、PMF、REST2、Prompts/资源等），实现了 MCP 的核心能力暴露。

  • 主要功能点

    • 资源托管与访问：提供 prism/mcp/resources.py 中定义的资源接口，允许客户端获取默认配置、 Agent 提示等信息。
    • 工具注册与执行：通过 prism/mcp/ 下的分析、 trajectory、 build、 pmf_analysis 等模块暴露分析、构建、PMF、REST2、MM/PBSA 等工具，并通过 MCP 的工具装饰器注册为可调用方法。
    • 提示模板与系统提示：使用 prism/mcp/resources.py 和 prism/mcp/pmf_analysis.py 等模块提供 prompts/系统提示，便于 LLM 以对话形式获取工作流指引。
    • JSON-RPC 通信：服务器实现了基于 JSON-RPC 的请求/响应处理，通常通过 stdio、WebSocket、SSE 等传输实现，目前仓库提供 stdio 传输的演示。
    • 会话管理与能力声明：通过 MCP 框架实现对能力与工具集合的注册，能够对客户端的调用进行路由与执行。
    • 多传输协议支持：设计用于支持 Stdio、SSE、WebSocket 等传输协议，当前实现以 stdio 为入口。
    • 安全/可扩展架构：模块化的工具/资源注册，便于扩展新的资源、工具和提示，适配多 LLM 客户端。

  • 安装步骤

    • 克隆或下载本仓库，进入根目录。
    • 安装依赖并在开发模式下安装 PRISM（推荐）：
      • pip install -e .
    • 启动 MCP 服务器（在仓库根目录执行）：
      • python prism/mcp_server.py
    • 服务器启动后，将以 MCP 兼容的方式对外提供服务，客户端可以通过 MCP 客户端连接到服务器。

  • 服务器配置（MCP 客户端需要的配置示例，JSON 格式）

    • 说明：以下 JSON 配置用于 MCP 客户端在连接服务器时读取必要的启动信息。服务器名称、启动命令与参数需与服务器实际部署信息保持一致。
    • 配置示例（JSON，不含代码，仅描述配置项）： { "server_name": "PRISM-MCP-Server", "command": "python", "args": ["-u", "prism/mcp_server.py"], "transport": "stdio" }
    • 注释说明：
      • server_name：为 MCP 客户端显示的服务器名称，便于区分。
      • command：启动服务器的可执行命令，一般为 python。
      • args：启动命令的参数，-u 确保输出行为可预测，后续跟随入口脚本路径 prism/mcp_server.py。
      • transport：传输协议，这里以 stdio 为示例；实际部署可改为 websocket、sse 等。

  • 基本使用方法（简易操作指南）

    • 启动服务器后，确保 MCP 客户端已配置正确的 server_name、command、args 等信息并建立连接。
    • 客户端调用示例（描述性说明，不给出代码）：
      • 调用资源获取接口以查询默认配置、提示、Prompts 等。
      • 调用工具接口执行构建、分析、PMF、REST2 等流程。
      • 使用 Prompt 资源获取 PRISM 的系统提示模板用于对话生成。
    • 常见工作流：
      • 读取资源（如默认配置、Prompts）。
      • 注册/执行工具以完成 Protein-Ligand 系统的搭建、分析、PMF、REST2、MMPBSA 等任务。
      • 获取并渲染 PROMPT 模板用于 LLM 的对话交互。

  • 运行与测试

    • 在本地直接运行服务器进行测试：
      • 运行 prism/mcp_server.py，确认服务器成功启动并监听/MCP 入口。
    • 使用 MCP Inspector 或 Claude Code 等客户端进行连接测试，确保可以通过 JSON-RPC 请求调用资源、工具与Prompts。

  • 运行时注意

    • 依赖项与环境：PRISM 的 MCP 实现依赖多模块与子系统，确保相关 Python 包与外部工具（如 GROMACS、AmberTools、OpenFF、MDTraj、MDAnalysis 等）在实际工具链中可用（本 MCP 侧主要负责协议对接与服务暴露）。
    • 安全性与权限：生产环境下需注意对执行外部命令的安全策略、权限控制与网络安全。

  • 参考用语与接口

    • MCP 服务端入口：PRISM 的 MCP 服务器入口脚本 prism/mcp_server.py，默认以 stdio 传输对接。
    • 子模块：环境、构建、验证、分析、PMF 分析、轨迹处理、资源等子模块对外暴露工具与资源。

服务器信息

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