Pharos MCP 服务器

使用说明（Markdown 格式）如下，帮助你快速理解、部署与使用该 MCP 服务器：

• 项目简介

  • 该仓库实现了一个基于 MCP（Model Context Protocol）的后端服务器，核心功能是为 LLM 客户端提供上下文信息、数据访问能力、工具注册与执行，以及对大响应进行高效的分阶段存储（staging），从而在对话中获得高效、可扩展的上下文服务。
  • 服务器主要以 Cloudflare Workers 为部署目标，提供可扩展的工具注册、资源管理、数据阶段化和 schema/prompt 相关能力，且支持多种传输方式（如流式传输 /mcp、SSE）。

• 主要功能点

  • MCP 核心能力：通过 MCP 服务器暴露 Tool Registry，注册并执行工具（如 pharos_graphql_query、pharos_query_data、pharos_get_schema）并返回结构化响应。
  • 数据阶段化与查询：对大规模响应进行自动分段存储（stageToDoAndRespond），提供 data_access_id，通过 query_data 与 get_schema 工具进行后续探查与查询。
  • 兼容性与传输：实现流式传输（/mcp）与 SSE（/sse）等传输模式，便于 LLM 客户端以不同方式接入 MCP 服务。
  • Pharos 数据查询：内置 pharos_graphql_query 工具，调用 Pharos API 的 GraphQL 端点，查询目标、疾病及配体等信息，并在需要时将结果自动分段存储以供后续 SQL 查询。
  • 辅助工具与查询链路：提供 pharos_query_data、pharos_get_schema 等工具，用于对已分段的数据进行查询与结构信息获取，便于 LLM 更灵活地探索数据。
  • 资源与安全：工具、数据访问、分段存储等均在服务器端实现策略，包含对大数据响应的分阶段处理，确保上下文服务在资源受限环境中的可控性。

• 安装步骤（简化版）

  • 获取代码：将本仓库克隆到本地或部署环境中。
  • 安装依赖：在项目根目录执行依赖安装（例如 npm install）。
  • 构建与打包：按照云端部署平台的指南进行打包，目标环境为 Cloudflare Workers。
  • 部署到云端：将打包后的代码发布到 Cloudflare Workers（或等效的托管环境），并配置路由（如 /mcp 或 /sse）。
  • 获取访问地址：部署完成后获取对应的工作负载地址，通常形如 https://your-workspace.workers.dev/sse（用于 SSE 传输）或 /mcp 的流式传输入口。

• 服务器配置（MCP 客户端需要） 说明：MCP 客户端需要知道服务器的标识、启动命令以及参数，用于连接和交互。以下为基于仓库信息的准确示例描述（JSON 格式，供 MCP 客户端配置参考；非代码块展示，便于理解）：

  • serverName: "PharosExplorer"
  • command: "npx"
  • args: [ "mcp-remote", "https://pharos-mcp-server.your-account.workers.dev/sse" ] 注释：以上配置中的 URL 为部署后 Thrift/HTTP 入口地址示例，实际请替换为你自己的 Workers 部署地址。MCP 客户端将用该信息建立与服务器的连接，并通过 MCP 协议进行请求/响应交互。

• 基本使用方法

  • 启动与连接
    • 将服务器部署到云端后，使用 MCP 客户端工具连接到 Pharos Explorer 服务器，进入上下文协作模式。
  • 常用交互
    • 查询 Pharos 数据：使用 pharos_graphql_query 工具发送 GraphQL 查询请求，结果若过大将自动分段存储，返回一个 data_access_id。
    • 探索分段数据：使用 pharos_query_data（传入 data_access_id 和 SQL 查询）对已分段数据执行 SQL 查询，获取结构化结果。
    • 查看模式与结构：使用 pharos_get_schema 获取分段数据的模式、表结构和关系等元信息，便于后续推理与对话上下文构建。
  • 脚本自动化
    • 可以将上述工具组合成生成式对话流程，例如先查询目标数据，再对结果进行聚合、筛选，最后将相关片段以结构化形式注入对话上下文。

• 运行注意与扩展

  • 大响应分段的阈值、分段存储策略等在代码中有配置点，可根据实际数据规模调整。
  • 服务器设计上支持多工具注册、扩展新的数据源（通过新增工具、调整 Pharos 接入点等）。
  • 与多种传输协议的兼容性使得在不同执行环境中都能稳定工作。

• 开发与贡献

  • 本仓库包含了基于 TypeScript 的后端实现、多个工具与分段存储组件，以及用于 Code Mode 的集成工具链，方便未来扩展更多数据源和工具。