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临床证据肿瘤学精准医疗CIViC数据库数据分析科研工具

使用说明

项目简介

Nexonco MCP服务器是由 Nexgene Research 开发的，基于 Model Context Protocol (MCP) 协议的服务器实现。它专注于提供对 CIViC (Clinical Interpretation of Variants in Cancer) 数据库中临床证据的快速、灵活的搜索和访问能力，旨在支持肿瘤精准医疗研究。通过标准化的 MCP 接口，Nexonco 服务器可以与各类 LLM 客户端集成，为大语言模型提供结构化的临床证据数据，从而增强 LLM 在医疗领域的应用能力。

主要功能点

  • 临床证据数据访问: 提供对 CIViC 数据库中癌症变异、疾病、药物和表型相关临床证据的查询功能。
  • 灵活的搜索过滤: 支持通过疾病名称、治疗方案、分子特征、表型、证据类型和证据方向等多种参数组合进行灵活搜索。
  • 结构化报告输出: 工具返回包含统计摘要、 टॉप 10 证据条目、来源引用和免责声明的格式化报告，方便用户理解和使用。
  • MCP 协议支持: 完全遵循 Model Context Protocol 协议，易于与支持 MCP 协议的客户端（如 Claude Desktop）集成。
  • SSE 传输支持: 支持 SSE (Server-Sent Events) 传输协议，用于与客户端进行实时通信。

安装步骤

  1. 环境准备:

    • 确保已安装 uv 或 Docker，推荐使用 uv 进行 Python 环境管理。
    • 如果需要与 Claude Desktop 集成，请确保已安装 Claude Desktop。

  2. 查阅详细安装指南:

    • NANDA Host Setup (后端配置): 参考仓库 'docs/nanda-server-setup.md' 文件，获取后端服务器配置和本地注册的详细步骤。
    • Claude Desktop Setup (客户端配置): 参考仓库 'docs/claude-desktop-setup.md' 文件，获取本地开发环境配置和 MCP 集成指南。

    注意: 仓库的 'README.md' 文件中提供了指向 'docs/' 目录下安装指南的链接，请务必查阅这些文档以获取最准确的安装和配置信息。

服务器配置

MCP 客户端需要配置以下信息以连接到 Nexonco MCP 服务器。以下是基于仓库信息生成的配置示例 (JSON 格式):

{
  "serverName": "nexonco",  // MCP 服务器名称，需与 server.py 中 mcp = FastMCP(name="nexonco", ...) 定义的名称一致
  "command": "python",      // 启动服务器的命令，这里假设使用 python 解释器
  "args": [                 // 启动服务器的参数列表
    "nexonco/server.py",    // 服务器脚本路径
    "--transport",          // 指定传输协议参数
    "sse",                  // 使用 SSE 传输协议 (根据仓库 README 描述和 server.py 代码，NANDA 环境推荐 SSE)
    "--host",               // 指定监听主机地址参数
    "0.0.0.0",              // 监听所有网络接口 (根据实际部署环境调整)
    "--port",               // 指定监听端口参数
    "8080"                 // 监听端口号 (根据实际需求和端口占用情况调整)
  ]
}

参数注释:

  • 'serverName': MCP 服务器的唯一标识名称，客户端通过此名称识别服务器。
  • 'command': 启动服务器程序的可执行命令，通常是 Python 解释器或其他语言的运行命令。
  • 'args': 传递给服务器程序的命令行参数列表。
    • '"nexonco/server.py"': 指定服务器主程序脚本的路径。
    • '"--transport", "sse"': 重要参数，指定使用 SSE (Server-Sent Events) 传输协议。根据仓库 'server.py' 代码和 'README.md' 描述，NANDA 环境推荐使用 SSE 协议。如果用于 Claude Desktop，可能需要根据 'docs/claude-desktop-setup.md' 指南调整为 'stdio' 或其他支持的协议。
    • '"--host", "0.0.0.0"': 可选参数，指定服务器监听的网络接口地址。'0.0.0.0' 表示监听所有可用的网络接口，允许来自任何 IP 地址的客户端连接。可以根据实际部署环境调整为特定的 IP 地址或域名。
    • '"--port", "8080"': 可选参数，指定服务器监听的端口号。默认端口为 '8080'，可以根据实际需求和端口占用情况修改。确保客户端连接时使用相同的端口号。

注意: 请仔细阅读仓库中的 'docs/' 目录下的安装指南文档，特别是 'nanda-server-setup.md' 和 'claude-desktop-setup.md'，以获取更详细和特定于您的使用场景的配置信息。根据您使用的 MCP 客户端类型（如 Claude Desktop 或 NANDA Agent），可能需要调整传输协议 ('--transport') 等参数。

基本使用方法

  1. 启动 Nexonco MCP 服务器: 根据上述服务器配置信息，在安装了 Python 环境的主机上，执行配置中 'command' 和 'args' 组合成的命令，启动 Nexonco MCP 服务器。例如，在项目根目录下打开终端，运行：

    python nexonco/server.py --transport sse --host 0.0.0.0 --port 8080

    服务器成功启动后，会监听指定的 host 和 port，等待 MCP 客户端连接。

  2. 配置 MCP 客户端: 在支持 MCP 协议的客户端 (例如 Claude Desktop 或 NANDA Agent) 中，按照客户端的 MCP 服务器配置指南，填入上述服务器配置信息 (server name, command, args)。

  3. 使用 'search_clinical_evidence' 工具: 在 MCP 客户端中，可以使用自然语言指令调用 'search_clinical_evidence' 工具，查询临床证据数据。例如：

    • "查找结直肠癌 KRAS 突变疗法的预测性证据。"
    • "伊马替尼对白血病的研究有哪些？"
    • "哪些疗法与胰腺癌证据相关？"

    客户端会将用户的自然语言指令转换为 MCP 请求，发送给 Nexonco MCP 服务器。服务器执行 'search_clinical_evidence' 工具，查询 CIViC 数据库，并将结果格式化为报告返回给客户端。客户端将展示服务器返回的临床证据报告。

注意: 'search_clinical_evidence' 工具支持多种可选参数，可以通过更详细的自然语言指令，结合疾病名称、治疗方案、分子特征、表型、证据类型和证据方向等条件进行更精确的搜索。具体参数和使用方法请参考仓库 'README.md' 文件中 "Tool List" 部分的描述。

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