使用说明

项目简介

本项目提供一个基于 Python 的 MCP 服务器，通过 BioBlend 库集成 Galaxy 生物信息学平台。它允许 AI 助手及其他 MCP 客户端以编程方式与一个指定的 Galaxy 实例进行交互，执行生物信息学分析任务。

主要功能点

Galaxy 连接：连接到指定的 Galaxy 实例，建立会话。
工具管理：搜索、查看详情及运行 Galaxy 工具面板中的工具。
工作流集成：访问交互式工作流编辑器 (IWC) 中的工作流，并将其导入到 Galaxy 实例中。
历史记录操作：创建、获取用户历史记录列表及详情，管理分析结果数据集。
文件管理：上传本地文件到 Galaxy 历史记录中作为输入数据集。

安装步骤

确保您的系统已安装 Python 3.8 或更高版本，以及 'pip' 包管理器。

克隆本仓库到本地：

git clone https://github.com/galaxyproject/galaxy-mcp.git

进入 Python 实现的目录：

cd galaxy-mcp/mcp-server-galaxy-py

安装所需的 Python 依赖库：

pip install -r requirements.txt

服务器配置

连接到 Galaxy 需要提供 Galaxy 实例的 URL 和 API Key。您可以选择以下方式配置这些凭据：

环境变量：在运行服务器之前设置 'GALAXY_URL' 和 'GALAXY_API_KEY' 环境变量。

export GALAXY_URL="<您的 Galaxy URL>"
export GALAXY_API_KEY="<您的 Galaxy API Key>"

.env 文件：在 'mcp-server-galaxy-py' 目录下创建一个名为 '.env' 的文件，内容如下：

GALAXY_URL=<您的 Galaxy URL>
GALAXY_API_KEY=<您的 Galaxy API Key>

注意：如果通过环境变量或 '.env' 文件配置了凭据，服务器启动时会自动尝试连接。

对于 MCP 客户端，通常需要配置服务器的启动方式。您可以使用以下 JSON 结构配置此 MCP 服务器，指定运行主程序的命令及其参数：

{
  "server_name": "galaxy", // MCP服务器的唯一标识名称，由客户端定义
  "description": "Galaxy 生物信息学平台交互服务器", // 服务器的简要描述
  "command": "mcp", // 启动MCP服务器进程的命令，确保 mcp 命令行工具已安装并可在PATH中找到
  "args": [ // 传递给command的参数列表
    "run", // mcp命令的一个子命令，用于运行MCP应用
    "mcp-server-galaxy-py/main.py" // MCP服务器的主程序文件路径，相对于客户端启动目录或绝对路径
  ]
}

基本使用方法

配置好 Galaxy URL 和 API Key（通过环境变量或 '.env' 文件）。
MCP 客户端根据上述配置启动 Galaxy MCP 服务器进程。
MCP 客户端与服务器建立连接后，可以首先调用服务器声明的 'connect' 工具，显式地传递 Galaxy URL 和 API Key 来覆盖环境变量配置（如果需要），并测试连接是否成功。
连接成功后，MCP 客户端即可通过调用服务器暴露的其他工具（如 'search_tools' 搜索工具， 'run_tool' 运行分析任务， 'get_histories' 查看历史记录等）与 Galaxy 平台进行交互。

关键词