项目简介

这是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 实现的服务器，专注于单细胞RNA测序数据中的拷贝数变异 (CNV) 分析。它将复杂的生物信息学分析流程封装成可通过自然语言调用的“工具”，使得支持MCP协议的AI客户端、插件或智能体能够轻松集成并使用这些分析功能。

主要功能点

• 数据读写 (IO)：能够读取和写入单细胞RNA测序数据文件（如 AnnData 格式），并加载基因位置信息。
• 数据预处理 (Preprocessing)：提供计算细胞间相似度（neighbors）等数据准备功能，为后续分析打基础。
• CNV 分析工具 (Tools)：核心功能，用于从单细胞数据推断基因拷贝数变异 (CNV)，并计算CNV评分。
• 数据可视化 (Plotting)：支持绘制染色体热图、UMAP 和 t-SNE 降维图等，帮助用户直观理解分析结果。

这些功能通过标准化的MCP接口对外提供，无需用户编写复杂的生物信息学代码。

安装步骤

首先，请确保您已经安装了 Python 环境。然后，可以通过 pip 包管理器进行安装：

pip install infercnv-mcp

服务器配置

要使用此MCP服务器，您的MCP客户端需要知道如何启动并连接到它。通常需要在客户端的配置中指定服务器的启动命令及其参数。

1. 本地运行配置

如果MCP服务器安装在与客户端相同的机器上，您需要告诉客户端执行哪个命令来启动服务器。

客户端配置示例（概念描述，非代码）：

• 服务器名称 (server name): 例如，“infercnv-mcp”
• 启动命令 (command): 指向 'infercnv-mcp' 可执行文件的路径（您可以通过在终端运行 'which infercnv-mcp' 来查找）。
• 命令参数 (args): 启动参数，例如 'run'，告诉服务器以标准I/O模式运行（通过标准输入输出与客户端通信）。

2. 远程运行配置

如果MCP服务器运行在另一台机器上，或者您希望通过HTTP/WebSocket连接，您需要在远程服务器上启动服务，并在客户端配置中指定服务地址。

在远程服务器上运行命令启动服务（例如，通过HTTP在8000端口）：

infercnv-mcp run --transport shttp --port 8000

客户端配置示例（概念描述，非代码）：

• 服务器地址 (address): 服务器运行的HTTP地址，例如 'http://服务器IP或域名:8000/mcp'

具体的配置方式请参考您使用的MCP客户端的文档。

基本使用方法

一旦在MCP客户端中配置并连接成功，您就可以通过客户端的用户界面（通常是聊天窗口或工具调用界面）来与该服务器进行交互。您可以通过自然语言或结构化的方式请求服务器执行特定的CNV分析任务，例如加载数据、运行CNV推断工具或生成可视化图表。服务器将处理请求并将结果（数据、图表文件路径或消息）返回给客户端。