项目简介: BioTools MCP服务器是TransAgent项目的一部分，专注于提供生物信息学领域的上下文信息和功能。它遵循Model Context Protocol (MCP) 标准，允许支持MCP的LLM客户端（如TransAgent应用程序本身）通过结构化请求访问托管的生物资源、执行预定义的分析工具。

主要功能点:

基因位置查询: 根据基因名获取基因组位置信息（BED文件路径）。
生物学注释数据访问: 提供多种生物学注释数据（如增强子、转录因子结合位点、SNP等）的BED文件路径。
转录调控因子(TR)结合区域访问: 根据TR列表获取相应的BED文件路径。
基因表达数据访问: 提供来自不同数据源（TCGA癌症数据、细胞系、组织等）的基因表达数据文件路径。
高性能计算命令执行: 允许LLM通过安全沙箱或远程SSH执行复杂的生物信息学分析命令（如bedtools, homer, macs2, TRAPT等）。

安装步骤:

确保您的系统已安装Python 3.7+、pip和uvicorn。
安装必要的Python库：'pip install mcp pandas starlette uvicorn ssh2' (如果需要远程SSH执行命令功能)。
如果需要托管数据，请将数据文件放置在服务器代码中指定的路径下（例如 '/data/human', '/data/trapt', '/data/exp' 等）。注意：这些数据文件和路径配置是服务器端的要求，非MCP客户端配置内容。
在 'biotools/mcp_server' 目录下找到服务器代码文件（例如 'server.py'）。
运行服务器：在 'biotools/mcp_server' 目录下执行命令：'uvicorn server:starlette_app --host 0.0.0.0 --port 3001' (如果使用 'server_transagent.py'，则将 'server' 替换为 'server_transagent')。服务器将在 '0.0.0.0:3001' 上监听。

服务器配置信息（供MCP客户端参考）: 该BioTools MCP服务器通过SSE协议提供服务。支持MCP协议的LLM客户端需要以下信息来连接：

{
  "name": "biotools",
  "url": "http://localhost:3001/sse",
  "enabled": true
}

'name': 服务器的名称，客户端用于标识。
'url': 服务器的访问URL，指向SSE端点。
'enabled': 是否启用此服务器（客户端配置项）。 其他参数如 'command', 'args' 等是特定客户端（如TransAgent应用程序自身）用于启动服务器进程的功能，非MCP协议本身的要求。

基本使用方法:

启动BioTools MCP服务器（按照安装步骤中的运行命令）。
在支持MCP协议的LLM客户端中，配置连接信息（参考上方的服务器配置信息）。
客户端连接成功后，可以向服务器发送JSON-RPC请求：
- 调用 'list_tools' 方法获取服务器提供的工具列表（名称、描述、参数）。
- 调用 'call_tool' 方法执行特定工具，并提供相应的JSON格式参数。服务器将返回工具执行结果（通常是文本，例如文件路径或命令输出）。
客户端（如TransAgent）根据服务器返回的结果，继续执行后续任务。

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