AtomisticToolkit MCP 服务器

关键词

原子结构服务MLIPASE材料分析工作流云端部署

使用说明（Markdown 格式）如下，便于快速了解、安装与使用。

  • 项目简介

    • 这是一个基于 MCP 的服务器实现，利用 FastMCP 提供工具（tools）和工作流（workflows）接口，面向原子结构建模与分析的计算任务，供 LLM 客户端以标准化的 JSON-RPC 调用进行访问。
    • 服务器通过 HTTP Transport（Streamable HTTP）对外提供接口，并提供 /healthz、/.well-known/mcp/server-card.json、/sse 等健康与发现端点，方便集成与可观测性。

  • 主要功能点

    • 工具与工作流暴露：构建结构、分析结构、写入/读取结构、优化结构、运行分子动力学、分析轨迹等一系列工作流，均以工具（tools）形式注册给 MCP 客户端调用。
    • 数据与分析能力：提供用于材料科学的结构信息、RDF、配位数、轨迹分析、VACF、扩散等分析工作流。
    • MD/力场支持：基于 ASE、MLIP（如 Nequix、ORB 等）进行结构优化和分子动力学计算。
    • 安全与发现：提供健康端点与服务器卡，支持不同传输路径（如 streamable-http、SSE 兼容）。
    • 易于部署：可通过常见云端服务（如 Render）直接运行，包含 render.yaml 等部署配置示例。

  • 安装步骤

    • 获取代码：将仓库克隆到本地或云端环境。
    • 安装依赖：在项目根目录执行依赖安装（示例命令为：pip install -r requirements.txt）。
    • 启动服务器：在合适的环境中执行以下任意一种启动方式
      • 成熟部署方式（推荐，用于生产环境）：uvicorn mcp_atomictoolkit.http_app:app --host 0.0.0.0 --port $PORT
      • 本地开发方式（简易测试）：python main.py（或 hf_server.py，依赖你的运行方式和端口设定）
    • 健康检查与服务器卡
      • 访问 /healthz 应返回 status: ok
      • 访问 /.well-known/mcp/server-card.json 应返回服务器卡信息，包含可用传输方式和服务器根端点等。
    • 兼容性与路径
      • 提供 /sse 兼容路径用于历史版本客户端的对接；根路径 / 作为 MCP 入口端点。

  • 服务器配置（供 MCP 客户端使用的 JSON 配置，示例说明性文本，不作为代码块展示） { "server_name": "atomictoolkit", "command": "uvicorn", "args": ["mcp_atomictoolkit.http_app:app", "--host", "0.0.0.0", "--port", "$PORT"], "description": "AtomisticToolkit 服务端，暴露结构构建与分析等工作流接口，用于 MCP 客户端通过 JSON-RPC 调用", "notes": "该配置仅用于客户端在连接服务器时的启动信息，实际运行端口由部署环境分配。" }

  • 基本使用方法

    • 第一步：确认服务器已上线并对外暴露根 MCP 端点（如 https://<service>.onrender.com/）。
    • 第二步：在 MCP 客户端中配置服务器信息（使用上述服务器名称、启动命令与端口等信息），选择传输类型为 Streamable HTTP。
    • 第三步：通过 JSON-RPC 调用服务器暴露的工具与工作流，如执行构建结构、分析结构、优化结构、运行 MD 等任务。
    • 第四步：根据返回的响应获取输出文件路径、分析结果、以及日志信息，进一步在客户端进行汇总与可视化分析。
    • 第五步：如需结合 Smithery 等目录服务，确保服务器卡正确暴露并可被发现。

服务器信息

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