PubMed Search MCP Server 使用说明

项目简介

PubMed Search MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的后端服务，旨在为大型语言模型（LLM）客户端提供医学文献检索能力。通过集成 PubMed 数据库，该服务器允许 LLM 客户端使用 'pubmed_search' 工具来查询医学文献，并返回检索结果。

主要功能点

医学文献检索: 提供 'pubmed_search' 工具，允许用户通过关键词在 PubMed 数据库中搜索医学文献。
可配置结果数量: 用户可以指定每次检索返回的最大结果数量（默认为15条）。
JSON-RPC 协议通信: 使用标准的 JSON-RPC 协议与 MCP 客户端进行通信。
标准 I/O 传输: 通过标准输入/输出流 (stdio) 与客户端建立连接。

安装步骤

该项目本身是一个服务器，无需传统意义上的“安装”。您需要先下载或克隆该仓库的代码到您的本地计算机。

前提条件：

确保已安装 Python 环境 (推荐 Python 3.8 及以上版本)
确保已安装 'uv' 包管理器 (根据仓库 README.md 建议使用)

步骤：

下载代码: 从 GitHub 仓库 https://github.com/MCP-Mirror/wavelovey_pubmed_search 下载或克隆代码到本地。
安装依赖: 在项目根目录下，使用 'uv' 安装项目依赖（如果 'uv' 未安装，请先安装 'uv'，参考 https://pypi.org/project/uv/）。打开终端，导航到项目根目录，运行命令：
```
uv sync
```
配置 Entrez API Email: PubMed 检索需要 Entrez API 的 Email 认证。您需要在您的操作系统环境变量中设置 'ENTREZ_EMAIL' 变量，值为您的邮箱地址。例如，在 Linux 或 macOS 中，您可以编辑 '~/.bashrc' 或 '~/.zshrc' 文件，添加一行：
```
export ENTREZ_EMAIL="[email protected]"
```
然后运行 'source ~/.bashrc' 或 'source ~/.zshrc' 使环境变量生效。在 Windows 中，您可以通过“系统属性” -> “高级” -> “环境变量” 来设置系统环境变量。

服务器配置

要将 PubMed Search MCP Server 集成到 MCP 客户端（例如 Claude Desktop），您需要在客户端的配置文件中添加服务器配置信息。以下是配置示例，以 Claude Desktop 为例，配置文件路径请参考仓库 'README.md' 的指引。

Claude Desktop 配置示例 (Development/Unpublished Servers Configuration)

"mcpServers": {
  "pubmed_search": {
    "command": "uv",
    "args": [
      "--directory",
      "/path/to/your/pubmed_search",  // 请替换为您的 'pubmed_search' 仓库的实际本地路径
      "run",
      "pubmed_search"
    ]
  }
}

重要参数说明:

'"server name"': 'pubmed_search' - 服务器在 MCP 客户端中注册的名称，可以自定义。
'"command"': 'uv' - 用于启动服务器的命令，这里使用 'uv' 运行器。
'"args"': 启动参数列表。
- '"--directory"': 指定服务器代码所在的目录，请务必将 '/path/to/your/pubmed_search' 替换为您实际存放 'pubmed_search' 仓库的本地路径。
- '"run"': 'uv run' 命令的子命令，表示运行指定的 Python 包。
- '"pubmed_search"': 要运行的 Python 包名称，对应 'src/pubmed_search/init.py'。

注意: 如果使用 'uvx' (Published Servers Configuration)，则通常用于已发布到 PyPI 的包，对于本地开发或未发布的服务器，建议使用 'uv' 和 '--directory' 参数指定本地代码路径。

基本使用方法

启动服务器: 配置完成后，当 MCP 客户端（如 Claude Desktop）启动时，会自动尝试连接并启动 PubMed Search MCP Server。
使用 'pubmed_search' 工具: 在 MCP 客户端中，您可以通过指令或自然语言提示，指示 LLM 使用 'pubmed_search' 工具进行医学文献检索。例如，您可以指示 LLM “使用 'pubmed_search' 工具搜索关于新冠疫苗的最新研究”。
查看检索结果: 服务器会将 PubMed 检索结果以 JSON 格式返回给 MCP 客户端，客户端会根据返回结果进行后续处理，例如展示给用户或用于生成回复。

工具调用示例 (在 MCP 客户端中)

当 LLM 需要使用 'pubmed_search' 工具时，它会向 MCP 服务器发送工具调用请求，请求可能包含以下参数：

{
  "tool_name": "pubmed_search",
  "arguments": {
    "query": "新冠疫苗最新研究",
    "max_results": 10
  }
}

服务器收到请求后，会执行 PubMed 检索，并将结果返回给客户端。

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