UniProt & Proteins API MCP Server
- 项目简介
- 本仓库实现了一个 MCP 服务器，用以向大语言模型客户端以标准化方式提供上下文信息和功能。核心包括资源与工具管理、数据数据化（Staging）及对外 UniProt/EBI Proteins API 的接入能力，支持通过 JSON-RPC 形式的 MCP 请求与响应。
- 主要功能点
- MCP核心实现：接收、解析并响应 MCP 请求，注册与执行工具，提供会话与能力声明。
- 资源/工具/ prompts 管理：集中注册工具、维护工具 Registry、对外暴露的工具接口。
- 数据场景化与存储：将大数据集分阶段存储在 Cloudflare Durable Objects 的 SQLite 实例中，支持复杂 SQL 查询、数据导出与模式推断。
- API 接入代理：将 MCP 客户端对 UniProt REST API 与 EBI Proteins API 的调用路由到相应服务端点，配合自动数据分段/存储。
- Code Mode 支持：为 LLM 提供 Code Mode 环境，支持 in-isolate 调用、动态代码执行、以及 API 代理工具的集成。
- 多传输与通知：SSE/HTTP/Ws 等传输通道实现，提供推送和通知能力。
- 安装步骤
- 在本地或云端部署前，请先安装依赖并准备 Cloudflare Workers 环境（README 提供了开发与部署指令）。
- 常用流程：
- 安装依赖：在项目根目录执行安装命令。
- 本地开发：运行开发服务器，确保 MCP 端点可通过 http://localhost:8787/mcp 与 SSE 端点 http://localhost:8787/sse 访问。
- 生产部署：通过 Cloudflare Workers 的 wrangler 工具进行部署。
- 服务器配置（MCP 客户端连接信息）
- 配置示例（JSON，描述性注释，非代码块呈现）
- server_name: "uniprot_mcp_server"
- command: "npx"
- args: ["mcp-remote", "http://localhost:8787/sse"]
- 说明
- server_name：MCP 客户端对服务器的唯一标识名称，便于区分与管理。
- command/args：用于启动客户端连接到 MCP 服务器的命令与参数。仓库示例中推荐使用 mcp-remote 通过 SSE 端点进行连接，SSE URL 对应开发和生产环境的实际暴露地址。
- 配置示例（JSON，描述性注释，非代码块呈现）
- 基本使用方法
- 启动服务器后，使用 MCP 客户端（如 Claude Desktop 的 mcp-remote）连接至 SSE 端点。
- 通过 MCP 客户端发送 JSON-RPC 风格的请求，调用注册的 Tools（如 uniprot_search、uniprot_entry、data_manager 等）以获取数据、进行数据分段查询或导出。
- 使用 Code Mode 提供的工具在沙箱中编写代码，访问 API、执行查询、并利用 data staging 功能进行高效大数据处理。
- 通过数据管理工具查看已分阶段的数据集、执行查询和获取模式信息，必要时进行模式推断与模式转换。