使用说明

项目简介

Simple PubMed 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，它充当大型语言模型 (LLM) 访问 PubMed 医学文献数据库的桥梁。通过提供工具和资源，Simple PubMed 使得 LLM 能够检索医学研究文章、获取摘要和全文（如果可用），从而增强 LLM 在医学和生物科学领域的应用能力。

主要功能点

PubMed 文献检索: 允许用户通过关键词查询 PubMed 数据库，快速找到相关的医学文献。支持复杂的查询语句，可以根据标题、作者、关键词等进行精确检索。
文章摘要访问: 提供访问 PubMed 文章摘要的功能，帮助用户快速了解文章的核心内容。
全文获取 (限开放获取): 对于在 PubMed Central (PMC) 中可用的开放获取文章，服务器能够尝试获取其全文内容，为 LLM 提供更全面的信息。
标准 MCP 接口: 遵循 MCP 协议，通过 JSON-RPC 与客户端通信，提供工具调用和资源读取等标准 MCP 功能。

安装步骤

安装 Python 包: 确保您的系统已安装 Python 和 pip，然后运行以下命令安装 Simple PubMed 服务器：
```
pip install mcp-simple-pubmed
```
配置环境变量: Simple PubMed 服务器需要以下环境变量才能正常工作：
- 'PUBMED_EMAIL': 您的有效邮箱地址。这是 NCBI Entrez API 的要求，用于身份验证和联系。
- 'PUBMED_API_KEY' (可选): 如果您需要更高的 API 请求频率，可以前往 NCBI 官网注册并获取 API 密钥。

服务器配置

要将 Simple PubMed 服务器与 MCP 客户端（如 Claude Desktop）连接，您需要在客户端中配置 MCP 服务器信息。以下是配置示例，您需要根据您的操作系统和 Python 安装路径进行调整。

配置示例 (JSON 格式):

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key"
      }
    }
  }
}

配置参数说明:

'server name': 'simple-pubmed' (服务器的名称，在客户端中用于引用)
'command': 'python' (启动 Python 解释器的命令。如果您的 Python 不在系统 PATH 中，请使用 Python 解释器的完整路径，例如 'C:\Python39\python.exe' 或 '/usr/bin/python3')
'args': '["-m", "mcp_simple_pubmed"]' (传递给 Python 解释器的参数，'-m mcp_simple_pubmed' 表示运行 'mcp_simple_pubmed' 模块作为主程序)
'env': 环境变量配置，服务器启动时会读取这些环境变量
- 'PUBMED_EMAIL': 请替换为您的 PubMed 邮箱地址
- 'PUBMED_API_KEY': 如果您有 API 密钥，请替换为您的密钥；否则可以留空

请注意，您需要将 '[email protected]' 和 'your-api-key' 替换为您自己的邮箱地址和 API 密钥（如果适用）。如果您使用的是 Windows 系统，并且 Python 安装路径与示例不同，请相应地修改 'command' 字段。

基本使用方法

配置完成后，MCP 客户端即可连接到 Simple PubMed 服务器。您可以通过客户端调用以下工具和资源：

使用 'search_pubmed' 工具检索文献: 客户端可以调用 'search_pubmed' 工具，并提供查询关键词和最大返回结果数。服务器将返回检索到的文献列表，包含标题、作者、摘要等信息，以及指向摘要和全文的资源 URI。
使用 'get_paper_fulltext' 工具获取全文: 客户端可以调用 'get_paper_fulltext' 工具，并提供 PubMed ID (PMID)。服务器将尝试获取对应文章的全文（如果 PMC 中有开放获取版本）。
读取资源 URI: 客户端可以读取服务器提供的资源 URI，例如 'pubmed://<PMID>/abstract' 获取文章摘要，或 'pubmed://<PMID>/full_text' 获取文章全文（如果可用）。

具体使用方法请参考您的 MCP 客户端的文档，了解如何在客户端中配置和调用 MCP 服务器提供的工具和资源。

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