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生物医学PubTator3文献搜索实体识别API适配器

项目简介

Pubtator MCP Server是一个基于Python异步框架实现的MCP服务器，它作为PubTator3生物医学API的适配器，使大型语言模型(LLM)客户端能够通过标准化的MCP协议访问PubTator3提供的生物医学知识和工具。

主要功能点

  • 实体查找: 使用自由文本查询查找生物医学实体（如基因、疾病、化学物质、变异）的标识符。
  • 文献搜索: 在PubTator3数据库中搜索与关键字、实体ID或实体关系相关的文献文章。
  • 文章文本提取: 根据PubMed ID (PMID) 或 PubMed Central ID (PMCID) 下载并提取文章的纯文本内容。
  • 相关实体查找: 根据给定的实体ID，查找与之存在特定关系类型或属于特定实体类型的相关实体。
  • Prompt模板: 提供用于指导LLM进行生物医学实体关系判断和文献证据查找的Prompt模板。

安装步骤

  1. 确保安装了Python 3.10+。
  2. 使用pip安装库： 
    pip install mcp-server-pubtator3

服务器配置 (供MCP客户端使用)

MCP客户端需要通过配置来连接并启动Pubtator MCP Server。以下是客户端所需的配置信息及说明：

  • 'name': 提供一个用户友好的名称，例如 "Pubtator MCP Server"。
  • 'server_name': 这是MCP服务器内部声明的名称，应配置为 "mcp-server-pubtator3"。
  • 'command': 启动服务器的可执行命令，应配置为 "mcp-server-pubtator3"。
  • 'args': 启动命令的参数列表，当前无需额外参数，配置为 '[]'。
  • 'transports': 服务器支持的传输协议列表，该服务器通过标准输入/输出 (Stdio) 进行通信，配置为 '["stdio"]'。

请将这些信息以客户端所需的JSON格式进行配置，例如：

{
  "name": "Pubtator MCP Server",
  "server_name": "mcp-server-pubtator3",
  "command": "mcp-server-pubtator3",
  "args": [],
  "transports": ["stdio"]
}

注意: 请将上述信息配置到您的MCP客户端中，而不是直接在命令行运行。

基本使用方法

安装并配置MCP客户端连接到Pubtator MCP Server后，LLM客户端即可通过标准的MCP协议调用服务器提供的工具和Prompt：

  • 调用工具: 使用'find_entity', 'search_pubtator', 'get_paper_text', 'find_related_entities'等工具，通过提供相应的参数来执行生物医学数据查询和获取任务。
  • 使用Prompt: 可以利用'relation_prover' Prompt模板，引导LLM进行生物医学实体间关系的判断和文献证据查找。

具体的工具使用方法和参数要求，MCP客户端可以通过查询服务器的'list_tools' endpoint获取。

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