PubMed文献分析MCP服务器使用说明

项目简介

PubMed文献分析MCP服务器是一个基于Model Context Protocol (MCP) 构建的应用后端，旨在帮助医学科研人员高效分析PubMed医学文献数据。通过集成文献检索、热点分析、趋势追踪和发文统计等功能，该服务器能够快速洞察医学研究动态，为科研决策提供数据支持。

主要功能点

文献检索：支持使用PubMed高级检索语法精确检索医学文献，并可自定义检索日期范围和最大结果数量。
研究热点分析：基于关键词频率统计，快速识别当前医学研究领域的热点方向，并汇总相关文献。
研究趋势追踪：追踪关键词随时间的变化频率，可视化展示研究趋势的演变，把握未来研究方向。
发文统计分析：提供灵活的时间周期设置，分析特定研究领域或关键词的文献发文数量变化趋势。
生成综合分析报告：一键生成包含研究热点、趋势和发文统计的全面分析报告，方便快捷地获取研究概况。

安装步骤

环境准备：确保已安装Python环境。推荐使用虚拟环境以隔离项目依赖。
下载仓库：从GitHub仓库 https://github.com/Darkroaster/pubmearch 下载或克隆代码到本地。
安装依赖：
- 进入项目根目录，打开命令行终端。
- 运行命令 'pip install -r requirements.txt' 或 'uv pip install -r requirements.txt' 安装项目所需的Python依赖库。

服务器配置

要将 PubMed文献分析MCP服务器集成到 MCP 客户端（如 Cursor），您需要配置 'mcp.json' 文件。在 'mcp.json' 中添加一个新的服务器配置项，指定服务器名称（例如 "PubMed"）、启动命令 (command) 和参数 (args)。

以下是一个 'mcp.json' 配置示例，请根据您的实际Python环境和 'server.py' 脚本的路径进行修改：

{
  "mcpServers": {
    "PubMed": {
      "command": "cmd",
      "args": [
        "/c",
        "path/to/python.exe",
        "path/to/server.py"
      ]
    }
  }
}

配置参数说明:

'"PubMed"': 服务器名称，您可以自定义，用于在 MCP 客户端中引用此服务器。
'"command"': 运行服务器的命令。Windows 系统通常使用 '"cmd"'，macOS 或 Linux 系统可能使用 '"bash"' 或 '"zsh"'。
'"args"': 命令参数列表。
- '"/c"': 'cmd' 命令的参数，用于执行后面的字符串命令。
- '"path/to/python.exe"': 请替换为您的Python解释器可执行文件的完整路径。 例如，如果您使用的是虚拟环境，路径可能类似于 'C:\path\to\your\venv\Scripts\python.exe' (Windows) 或 '/path/to/your/venv/bin/python' (macOS/Linux)。
- '"path/to/server.py"': 请替换为 'server.py' 脚本文件的完整路径。 这通常是您下载的 'pubmearch' 仓库中 'pubmed_mcp/server.py' 文件的路径。

例如，如果您的Python可执行文件路径为 'C:\Python39\python.exe'，'server.py' 文件位于 'D:\pubmearch\pubmed_mcp\server.py'，则 'mcp.json' 配置应如下所示：

{
  "mcpServers": {
    "PubMed": {
      "command": "cmd",
      "args": [
        "/c",
        "C:\\Python39\\python.exe",
        "D:\\pubmearch\\pubmed_mcp\\server.py"
      ]
    }
  }
}

注意:

请确保 'mcp.json' 文件配置正确，特别是 Python 解释器和 'server.py' 脚本的路径。
如果您使用虚拟环境，请使用虚拟环境中的 Python 解释器路径。

基本使用方法

启动服务器：MCP 客户端（如 Cursor）在加载 'mcp.json' 配置文件后，会自动尝试启动配置的 MCP 服务器。
在 MCP 客户端中使用：在 MCP 客户端的对话框中，可以使用 '/服务器名称工具名称参数' 的格式来调用 PubMed文献分析MCP服务器提供的工具。

例如，使用 Cursor Agent Mode 分析前列腺癌免疫治疗近三个月的研究热点：

/PubMed Help me analyze the research hotspots on prostate cancer immunotherapy in the past three months. Set top_n to 50 and max_results to 5000. My email adress is [email protected]

说明:

'/PubMed': 指定使用名为 "PubMed" 的 MCP 服务器 (与 'mcp.json' 中配置的服务器名称一致)。
'Help me analyze the research hotspots on prostate cancer immunotherapy in the past three months. Set top_n to 50 and max_results to 5000. My email adress is [email protected]': 这是传递给 'analyze_research_hotspots' 工具的自然语言指令和参数。其中 'top_n' 和 'max_results' 是工具的参数，'[email protected]' 是 'search_pubmed' 工具所需的 'email' 参数（在实际使用中，服务器可能会先调用 'search_pubmed' 工具进行文献检索，然后再调用 'analyze_research_hotspots' 进行分析）。

可用的工具和参数请参考 'README.md' 文件中 "MCP工具 / MCP Tools" 部分的描述。

注意事项:

请务必遵守NCBI的API使用政策，合理使用PubMed检索功能。
首次使用 'search_pubmed' 工具时，需要提供您的有效邮箱地址，以便 NCBI 追踪 API 使用情况。
分析结果文件默认保存在 'results' 目录下，服务器日志位于 'pubmed_server.log' 文件中。

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