PubMed Search MCP

关键词

PubMedMeSH多源检索PICO学术文献

使用说明

  • 项目简介 PubMed Search MCP 是一个完整的 MCP 服务器实现，提供对 PubMed 等学术数据库的访问、资源管理、工具注册与执行，以及提示模板的渲染能力。通过 JSON-RPC 与客户端通信，支持会话管理、能力声明、多传输协议接入，旨在为 LLM 客户端提供结构化的研究上下文与外部功能调用能力。

  • 主要功能点

    • 资源与数据访问：托管并管理面向 LLM 的学术资源和缓存数据，提供统一的数据入口。
    • 工具注册与执行：提供大量检索、导出、分析等工具，LLM Agent 可以通过 MCP 调用外部功能。
    • Prompt 与模板：定义和渲染用于与 LLM 交互的提示模板，支持可定制的交互模式。
    • JSON-RPC 交互：服务器通过 JSON-RPC 接收请求并返回标准化响应，支持读取资源、调用工具、获取 Prompts 等。
    • 会话和能力声明：会话管理、能力声明，支持多种传输协议，确保上下文服务的安全性和可扩展性。
    • 多传输协议支持：包括 SSE、Streamable HTTP、WebSocket 等，便于嵌入到不同的前端/客户端。
    • Copilot Studio 集成：提供 Copilot Studio mode 的适配工具流和中间件，方便将 MCP 配置为 Copilot Studio 的后端。

  • 安装与运行

    • 快速安装方式（适用于开发与本地实验）
      • 使用 uv 安装插件方式：uv add pubmed-search-mcp
      • 使用 uvx（零安装）直接运行：uvx pubmed-search-mcp
    • 运行方式
      • HTTP/Streamable HTTP 模式：python run_server.py --transport streamable-http --port 8765
      • SSE 模式（不推荐用于 Copilot Studio）: python run_server.py --transport sse --port 8765
    • 运行时环境变量
      • 必填：NCBI_EMAIL，遵守 NCBI 使用政策
      • 可选：NCBI_API_KEY，用于提升速率限制
      • 服务器端的端口和主机可以通过命令行参数或环境变量设置

  • 服务器配置（MCP 客户端所需信息，示例） { "server_name": "PubMed Search MCP", "command": "uvx", "args": ["pubmed-search-mcp"], "transport": "streamable-http", "host": "0.0.0.0", "port": 8765, "env": { "NCBI_EMAIL": "[email protected]" } } 注释：

    • server_name：给 MCP 客户端显示的服务器名称，和仓库中的 MCP 服务名称一致。
    • command 与 args：对应客户端启动 MCP 服务的命令及参数，当前实现推荐使用 uvx pubmed-search-mcp（Streamable HTTP）模式。
    • transport：传输模式，推荐 streamable-http，兼容 Copilot Studio 等客户端。
    • host、port：服务器监听地址与端口，可根据需要修改。
    • env：运行时环境变量，需设置 NCBI 邮件地址以满足接口策略。

  • 基本使用方法

    1. 启动服务器
      • 在本地或服务器上执行上述运行命令以启动 MCP 服务器。
    2. 配置客户端连接
      • MCP 客户端（如 Copilot Studio、VS Code Copilot 扩展等）通过提供的配置连接到服务器的 /mcp 端点（Streamable HTTP 模式下通常为 http(s)://your-host:8765/mcp）。
    3. 发送请求
      • 客户端以 JSON-RPC 风格向服务器发送请求，例如读取资源、执行工具、获取 Prompt 模板等，服务器返回标准化的 JSON-RPC 响应。
    4. 监控与扩展
      • 服务器具备会话、缓存、并发工具注册等能力，可根据需求扩展工具集和资源。

  • 备注

    • 本仓库包含完整的 MCP 服务器实现与大量工具/插件，覆盖从资源管理、工具执行、到跨数据库的统一检索与排行，支持多种传输协议并可与 Copilot Studio 集成。
    • 部署时请确保 NCBI 邮件地址设置正确，若需要提升调用速率可配置 NCBI API Key。

  • 典型工作流示例

    • 与 LLM Agent 的对话中，Agent 通过 unified_search 等工具发起多源检索，MCP 服务器自动进行词汇翻译、MeSH 展开、并行检索、去重与排名，最终将结构化的结果返回给 Agent 用于推断或呈现。

服务器信息

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