项目简介

PubMed MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的应用后端，旨在为 AI 助手提供便捷的 PubMed 医学文献数据访问和分析能力。通过标准化的 MCP 接口，AI 助手可以轻松地搜索 PubMed 文献库，获取文章元数据，尝试下载全文 PDF，并进行深入的文献分析，从而辅助科研和信息检索工作。

主要功能点

文献检索: 支持关键词和高级检索，快速查找 PubMed 中的医学文献。
元数据获取: 获取指定 PMID 文献的详细元数据信息，如标题、作者、摘要等。
全文下载: 尝试下载开放获取的 PubMed 文献 PDF 全文。
深度分析: 为指定 PMID 文献生成深度分析 Prompt，辅助 AI 进行文献解读和分析。

安装步骤

克隆仓库

git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
cd PubMed-MCP-Server

安装依赖 确保已安装 Python 3.10+，然后使用 pip 安装项目依赖：

pip install -r requirements.txt

服务器配置

要将 PubMed MCP Server 集成到 MCP 客户端（如 Claude Desktop, Cursor 等），您需要配置 MCP 服务器的启动命令。以下是一些客户端的配置示例：

Claude Desktop 配置 (Mac OS):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      // "command": "python"  -  启动服务器的命令，这里使用 python 解释器。
      // "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"] - 传递给 python 解释器的参数，"-m pubmed-mcp-server"  表示以模块方式运行 pubmed-mcp-server。
      }
  }
}

Cursor 配置 (Mac/Linux):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@smithery/cli@latest",
        "run",
        "@JackKuo666/pubmed-mcp-server",
        "--client",
        "cursor",
        "--config",
        "{}"
      ]
      // "command": "npx" - 启动服务器的命令，这里使用 npx，用于运行 npm 包。
      // "args": [...] - 传递给 npx 的参数，用于通过 smithery 运行 pubmed-mcp-server。
      }
  }
}

Windows 版本 Claude Desktop 配置 (示例，请替换为您的实际路径):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
      // "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe" -  启动服务器的命令，指定您的 Python 解释器路径。
      // "args": ["D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"] -  传递给 python 的参数，指定 pubmed_server.py 脚本的完整路径。
      }
  }
}

Cline 配置 (示例，请替换为您的实际路径):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
      // "command": "bash" - 启动服务器的命令，使用 bash 脚本。
      // "args": [...] - 传递给 bash 的参数，使用 -c 参数执行一段命令，先激活虚拟环境，然后运行 pubmed_server.py 脚本。
      }
  }
}

注意:

请根据您的 MCP 客户端类型和操作系统，选择相应的配置示例。
配置文件中的路径需要替换为您实际的 Python 解释器路径和项目代码路径。
如果使用虚拟环境，请确保在启动命令中激活虚拟环境。

基本使用方法

启动服务器

在项目根目录下，运行以下命令启动 PubMed MCP Server：
```
python pubmed_server.py
```
在 MCP 客户端中使用

启动服务器后，在您的 MCP 客户端中配置好服务器连接信息。您可以通过自然语言指令或客户端提供的界面，调用 PubMed MCP Server 提供的工具，例如：
- 搜索文献: "请搜索关于 CRISPR 的最新文献"
- 获取元数据: "请展示 PMID 为 12345678 的文献元数据"
- 深度分析: "请对 PMID 为 12345678 的文献进行深度分析"
具体的调用方式取决于您使用的 MCP 客户端的功能和界面。请参考您使用的 MCP 客户端的文档，了解如何调用和使用 MCP 服务器提供的工具。

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服务器配置

基本使用方法

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