使用说明（简要概览）

• 项目简介

  • pubmed-mcp-server 是一个完整的 MCP 服务器实现，围绕 PubMed/NCBI 的 E-utilities 提供数据获取、处理以及可复用的工具、资源与提示模板。服务器代码具备会话管理、能力声明，以及对多种传输协议的支持，适合嵌入到 LLM 的上下文服务框架中。

• 主要功能点

  • 资源管理：提供 PubMed 相关的数据库信息资源等数据入口，方便客户端读取与聚合。
  • 工具注册与执行：7 项 PubMed 相关工具，覆盖检索、获取元数据、引用生成、MeSH 探索等能力，LLM 可以调用这些工具实现外部功能。
  • 提示模板定义与渲染：含研究计划等 Prompts，支持定制化对话流。
  • MCP 协议实现与 JSON-RPC 通信：服务器端按 MCP 规范处理请求与返回响应，错误通过 MCP 错误模型传递。
  • 多传输协议支持：stdio、HTTP、Cloudflare Workers 等，方便本地开发与云端部署。
  • 安全与可扩展性：内置会话管理、鉴权插件、可插拔存储等，便于扩展与集成。

• 安装与运行步骤（概览）

  • 本仓库使用 Bun/TypeScript 构建，推荐使用 Bun 1.x 及以上版本，或者在本地使用 Bun 附带的命令进行编译与运行。
  • 本地开发可选择 stdin/stdio 方式启动 MCP 服务器，或通过 bun run start:http 启动 HTTP 版本；也可将代码打包并部署到 Cloudflare Workers。

• 服务器配置示例（给 MCP 客户端的配置信息，格式为 JSON，包含服务器名称、启动命令及参数等）

  • serverName: pubmed
  • command: bun
  • args: ["run", "start:http"] 或者 ["bunx", "@cyanheads/pubmed-mcp-server@latest"]
  • 重要环境变量示例（可选）：
    • MCP_TRANSPORT_TYPE: http 或 stdio
    • MCP_LOG_LEVEL: info、debug 等
    • NCBI_API_KEY: 提升 NCBI 请求速率的密钥

  注：以上配置信息用于 MCP 客户端在初始连接阶段了解服务器如何启动与连接，具体字段应按客户端需求与实际运行环境配置。客户端不需要了解本仓库内部实现细节，只需知晓服务器名称、启动命令及基本参数即可建立连接。