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PubMed MCP服务器使用说明

项目简介

PubMed MCP服务器是一个专门为语言模型（LLM）设计的后端应用，它实现了 Model Context Protocol (MCP)，使得LLM能够通过标准化的接口访问和利用 PubMed 数据库。该服务器提供了一个 工具 (Tool)，允许LLM根据关键词搜索 PubMed 文献，并获取文献摘要信息，从而扩展LLM在生物医学领域的知识和应用能力。

主要功能点

  • 文献检索: 通过 'search_abstracts' 工具，LLM可以向 PubMed 数据库发送关键词查询请求，检索相关的生物医学文献摘要。
  • 摘要获取: 服务器返回包含文章标题、摘要内容、作者、期刊、发表日期、DOI 和 PMID 等信息的文本结果，方便LLM理解和利用检索到的文献信息。
  • MCP协议支持: 完全兼容 Model Context Protocol，能够与任何支持 MCP 协议的 LLM 客户端进行无缝集成。

安装步骤

由于该仓库主要提供的是服务器代码，安装步骤侧重于如何配置和运行该服务器，以便 MCP 客户端能够连接和使用。

  1. 安装 'uv': 根据 README.md 文件的指示，您需要先安装 'uv'。'uv' 是一个 Python 包安装和管理工具，请参考 'uv' 的官方文档完成安装，并确保 'uvx' 命令在您的系统 PATH 环境变量中可用。

  2. 克隆仓库 (可选): 如果您需要修改或深入了解服务器代码，可以克隆该 GitHub 仓库到本地。但对于仅仅使用该 MCP 服务器而言，这不是必须步骤。

服务器配置

要将 PubMed MCP 服务器配置到 MCP 客户端（例如 Claude），您需要在客户端的配置文件中添加以下服务器信息。以下配置信息基于仓库的 'README.md' 文件内容：

{
    "mcpServers": {
        "pubmedmcp": {  // 服务器名称，可以自定义，用于在客户端中标识该服务器
            "command": "uvx",  // 启动服务器的命令，这里使用 uvx 来运行 Python 包
            "args": ["pubmedmcp@latest"], // 命令参数，指定运行 pubmedmcp 包的最新版本。uvx 会自动查找和运行名为 pubmedmcp 的 Python 包。
            "env": { // 环境变量配置
                "UV_PRERELEASE": "allow", // 允许 uv 使用预发布版本
                "UV_PYTHON": "3.12" // 指定 uv 使用 Python 3.12 环境
            }
        }
    }
}

配置参数解释:

  • 'server name': 'pubmedmcp' - 您为该 PubMed MCP 服务器指定的名称。在客户端配置中，您可以使用这个名称来引用该服务器。
  • 'command': 'uvx' - 用于启动服务器进程的命令。'uvx' 是 'uv' 工具提供的一个命令，用于执行 Python 包。
  • 'args': '["pubmedmcp@latest"]' - 传递给 'uvx' 命令的参数。'"pubmedmcp@latest"' 指示 'uvx' 运行名为 'pubmedmcp' 的 Python 包的最新版本。 这意味着该服务器需要被打包成一个 Python 包并发布，然后可以通过 'uvx' 命令安装和运行。
  • 'env': '{ "UV_PRERELEASE": "allow", "UV_PYTHON": "3.12" }' - 设置运行服务器的环境变量。
    • 'UV_PRERELEASE: "allow"' 允许 'uv' 工具使用预发布版本，这在某些情况下可能需要。
    • 'UV_PYTHON: "3.12"' 指定使用 Python 3.12 版本来运行服务器。请确保您的系统已安装 Python 3.12 或更高版本，并且 'uv' 配置为使用该版本。

注意: 配置文件中的 'command' 和 'args' 是 MCP 客户端用来启动 MCP 服务器的关键信息。请确保根据您的实际环境和 'README.md' 文件的指示进行配置。 您可能需要根据您的 'uv' 安装和 Python 环境调整 'env' 部分的配置。

基本使用方法

配置完成后，当您的 MCP 客户端连接到 PubMed MCP 服务器后，LLM 就可以通过调用 'search_abstracts' 工具来搜索 PubMed 文献。

例如，在与 LLM 的对话中，您可以指示 LLM 使用 'pubmedmcp' 服务器的 'search_abstracts' 工具，并提供关键词，例如：

"请使用 'pubmedmcp' 服务器的 'search_abstracts' 工具，帮我搜索关于 '新型冠状病毒疫苗' 的文献摘要。"

LLM 客户端会将这个请求转换为对 'search_abstracts' 工具的调用，并将关键词 '"新型冠状病毒疫苗"' 作为参数发送给 PubMed MCP 服务器。服务器会查询 PubMed 数据库，并将检索到的文献摘要信息返回给 LLM 客户端，最终 LLM 可以利用这些信息来生成回复或执行其他任务。

总结: PubMed MCP 服务器作为一个独立的后端服务运行，并通过 MCP 协议与 LLM 客户端通信，提供 PubMed 文献检索功能，扩展了 LLM 在生物医学信息获取方面的能力。

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