使用说明

项目简介

PubChem MCP Server 是一个 Python 实现的 MCP 服务器，旨在为 AI 模型提供访问 PubChem 数据库中化学化合物信息的能力。它通过标准的 MCP 接口，使得 AI 模型可以轻松查询化合物的属性、2D 结构和 3D 分子坐标等信息。

主要功能点

化合物信息查询： 通过化合物名称或 PubChem CID 查询化合物的基本信息，包括 IUPAC 名称、分子式、分子量、SMILES、InChI 和 InChIKey。
多种数据格式支持： 支持 JSON (默认)、CSV 和 XYZ (3D 结构) 等多种输出格式，方便不同应用场景的数据处理。
结构文件下载： 可以下载化合物的结构文件，支持 SDF、MOL 和 SMI 等常见格式。
内置缓存： 为了提高性能，服务器内置了缓存系统，缓存 API 响应和 3D 结构数据，减少重复请求。
API 重试机制： 具备自动重试机制，增强了 API 访问的稳定性。
3D 结构处理： 如果 PubChem 提供的 3D 结构不可用，服务器可以尝试回退生成 3D 结构（可选，需要 RDKit 库）。

安装步骤

克隆仓库:

git clone https://github.com/PhelanShao/pubchem-mcp-server.git
cd pubchem-mcp-server/python_version

安装 Python 包:

pip install -e .

如果需要增强的 3D 结构处理功能，并安装了 RDKit 库，可以使用以下命令安装：

pip install -e ".[rdkit]"

服务器配置

要将此服务器与 Claude 或其他 MCP 客户端一起使用，请将以下配置添加到您的 MCP 客户端配置文件中。请注意，以下配置为 JSON 格式，您只需复制粘贴到您的 MCP 客户端配置中即可，无需修改代码。

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}

配置参数说明:

'"pubchem"': 服务器名称，在 MCP 客户端中用于引用此服务器。
'"command": "python3"': 启动服务器的命令，这里假设您的环境中 'python3' 命令指向 Python 3 解释器。
'"args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"]': 启动命令的参数，指向 'mcp_server.py' 脚本的绝对路径。请将 '/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py' 替换为您实际的 'mcp_server.py' 文件的路径。
'"env": {"PYTHONUNBUFFERED": "1"}': 设置环境变量，'PYTHONUNBUFFERED=1' 用于禁用 Python 的输出缓冲，确保 MCP 客户端能及时接收到服务器的输出。
'"disabled": false': 设置为 'false' 表示启用此服务器。
'"autoApprove": ["get_pubchem_data", "download_structure"]': 自动批准的工具列表。当 LLM 尝试调用 'get_pubchem_data' 或 'download_structure' 工具时，无需用户手动批准。

基本使用方法

配置完成后，您的 MCP 客户端应该能够检测到名为 'pubchem' 的 MCP 服务器。您可以使用以下工具与服务器交互：

'get_pubchem_data' 工具: 用于检索化合物的结构和属性数据。

参数:

'query' (必填): 化合物名称或 PubChem CID。
'format' (可选): 输出格式，可选值包括 '"JSON"' (默认), '"CSV"', 或 '"XYZ"'。
'include_3d' (可选): 是否包含 3D 结构信息 (仅当 'format' 为 '"XYZ"' 时有效)。

使用示例 (JSON 格式):

<use_mcp_tool>
  <server_name>pubchem</server_name>
  <tool_name>get_pubchem_data</tool_name>
  <arguments>
  {
    "query": "aspirin",
    "format": "JSON"
  }
  </arguments>
</use_mcp_tool>

使用示例 (XYZ 格式，包含 3D 结构):

<use_mcp_tool>
  <server_name>pubchem</server_name>
  <tool_name>get_pubchem_data</tool_name>
  <arguments>
  {
    "query": "aspirin",
    "format": "XYZ",
    "include_3d": true
  }
  </arguments>
</use_mcp_tool>

'download_structure' 工具: 用于下载化合物的结构文件。