Open Targets MCP 服务器
使用说明
- 项目简介 该仓库实现了一个基于 MCP（Model Context Protocol）的服务端组件，能够与 MCP 客户端（如 Claude Desktop 等）通过标准的 JSON-RPC 风格请求/响应进行交互。核心功能包括：将 Open Targets Platform 的 GraphQL API 结果通过工具暴露给客户端、将查询结果以结构化方式托管为可检索的资源、以及提供可组合的 Prompts/模板来支持 LLM 的交互模式。实现了多传输协议（Streamable HTTP、SSE）的通信能力，并具备会话管理、能力声明和数据托管能力。
- 主要功能点
- MCP 服务器实现与协议对接：通过 MCP Server 框架注册工具、处理请求并返回 MCP/Code Mode 兼容响应。
- 工具 (Tools) 案例：opentargets_graphql_query、opentargets_query_sql、get_target_info、get_disease_associated_targets 等，涵盖 GraphQL 查询、数据获取和后续分析。
- 数据托管与查询能力：通过 OpenTargets 的 GraphQL API 获取数据，支持将查询结果自动托管为可分析的 SQLite 表结构，提供 query_data/ get_schema 等查询工具。
- 数据分层与分段存储：内置 Chunking/Staging 机制，将大文本和结构化数据分块存储以优化上下文/传输成本。
- 支持多传输协议：Streamable HTTP（推荐）和 SSE（向后兼容）两种传输路径。
- Durable Object 方案：通过 Cloudflare Durable Objects 实现对托管数据的分布式存储与调用隔离，确保数据安全和并发处理能力。
- 安装与运行步骤
- 依赖与构建
- 将代码部署到支持的运行环境（如 Cloudflare Workers/类似边缘计算平台），并确保可访问的 MCP 入口点。
- 部署与配置
- 部署后确保可以通过以下入口与 MCP 客户端建立连接：Streamable HTTP Endpoint /mcp，以及备用的 SSE Endpoint /sse。
- 客户端连接示例
- MCP 客户端需使用服务器的入口地址进行连接，首选 Streamable HTTP 端点，若使用 Claude Desktop 等工具则按客户端配置要求提供服务器地址。
- 使用场景
- 使用 opentargets_graphql_query 工具查询 Open Targets GraphQL API，客户端可选择将结果托管为可检索的表、并基于 query_data 提供对数据的 SQL 查询能力。
- 依赖与构建
- 服务器配置（用于 MCP 客户端连接的 JSON 配置描述，非客户端代码）
{
"server_name": "open-targets-worker",
"command": "npx",
"args": [
"mcp-remote",
"https://open-targets-mcp-server.quentincody.workers.dev/mcp"
]
// 注释说明：该配置用于 MCP 客户端在本地或开发环境通过一个命令启动对远程 MCP 服务器的连接。实际连接参数应与部署地址匹配。
}
说明：
- server_name：在 MCP 客户端侧用于标识要连接的 MCP 服务器条目名（如同示例中的 open-targets-worker）。
- command / args：用于客户端如何启动与远端 MCP 服务器的连接的指令集合。客户端需要读取此信息以便建立连接，具体执行方式以客户端实现文档为准。
- 基本使用方法
- 连接与注册工具：通过 MCP 客户端将 opentargets_graphql_query、opentargets_query_sql 等工具注册到服务器，进行 GraphQL 查询、数据托管及后续 SQL 查询。
- 数据托管与查询：在 GrafQL 查询后，若结果较大，则会自动分块托管（chunking/staging），客户端应使用 data_access_id 结合 query_data / get_schema 等工具对数据进行分析。
- 传输协议切换：如需使用 SSE 兼容，请切换到 /sse 端点；如需更稳定的连接，优先使用 /mcp 的 Streamable HTTP 传输。
- 安全与扩展性：服务端实现包含会话管理、能力声明和多种传输协议的支持，能为 LLM 应用提供安全、可扩展的上下文服务框架。