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项目简介
- 本项目实现了一个基于 MCP 协议的后端服务器，提供对 1000 Genomes Project 数据集的资源（如数据总览）、工具（可执行外部查询/统计任务的能力）以及可自定义的交互模板（Prompts）的支持，方便将数据和功能暴露给大型语言模型（LLM）客户端。
主要功能点
- 资源和数据访问：通过 MCP 提供对数据集信息及统计数据的读取能力（如样本总数、变体总数、按区域查询等）。
- 工具注册与执行：将脚本化的查询和统计操作注册为可调用的 Tools，LLM 客户端可调用这些工具获取结果。
- 连接多传输协议：支持通过 MCP 的 HTTP/Streamable HTTP、SSE、STDIO 等传输方式与客户端通信（实现了本地运行与容器化部署的能力）。
- 会话与权限：服务器端处理会话、能力声明等元信息，确保与客户端的标准化交互。
安装步骤
- 本地编译与运行
  - 使用 Maven 打包为一个 uber-jar：
    - ./mvnw package -DskipTests -Dquarkus.package.jar.type=uber-jar
  - 运行本地开发环境（同时启用 stdio 和 HTTP/传输）：
    - java -Dquarkus.profile=dev -jar <生成的 Jar 文件路径>
- Docker 部署
  - 构建镜像（默认配置下 stdio 可用性有差异，请按需要调整 prod 配置）：
    - docker build -f Dockerfile -t onekgpd-mcp .
  - 以容器运行（端口示例，可按环境映射调整）：
    - docker run -p 9000:9000 --name onekgpd-mcp --rm onekgpd-mcp
- 直接获取镜像
  - docker pull dnaerys/onekgpd-mcp:latest
  - 以容器运行：docker run -p 9000:9000 --name onekgpd-mcp --rm dnaerys/onekgpd-mcp
- MCP 客户端连接（示例）
  - 通过 MCP 客户端连接到 HTTP/HTTPS 端点，例如 http://localhost:9000/mcp
服务器配置（MCP 客户端 JSON 配置示例）
- MCP 客户端在启动时需要知道 MCP 服务器的启动命令与参数。下面给出一个常用的配置示例，供客户端在对接时填写： { "mcpServers": { "OneKGPd": { "command": "java", "args": ["-Dquarkus.profile=dev", "-jar", "/full/path/onekgpd-mcp-runner.jar"] } // 你也可以使用 prod 配置或其他环境配置 } // 注：上述配置用于 MCP 客户端在启动时直接调用服务器，客户端本身无需实现 MCP 协议逻辑 }
基本使用方法
- 启动服务器后，客户端应指向服务器提供的 MCP 入口点，如 /mcp。
- 使用 MCP 客户端发送 JSON-RPC 风格的请求，服务器将返回标准化的 JSON-RPC 响应。
- 常用操作包括：查询数据总量、按区域查询变体、调用已注册的工具、获取提示模板等。
运行与验证
- 本地启动后，访问 http://localhost:9000/mcp 或通过对应传输协议的入口进行测试，确保返回符合 MCP 协议的响应。

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