项目简介

NexonCo MCP 服务器是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的后端应用，专注于临床证据数据的访问和分析。它通过标准化接口向大语言模型 (LLM) 客户端提供关于疾病、疗法、分子特征等的最新研究证据，辅助精准医学和肿瘤研究。服务器集成了 CIViC (Clinical Interpretation of Variants in Cancer) 数据库的数据访问能力。

主要功能点

临床证据搜索： 支持基于疾病、疗法、基因变异、表型、证据类型和方向等多种组合条件进行灵活搜索。
结构化报告生成： 对搜索结果生成详细报告，包含统计摘要、高评价证据列表、来源引用等。
LLM 工具集成： 通过 MCP 协议暴露 'search_clinical_evidence' 工具，允许 LLM 直接调用以获取和分析临床证据。
多传输协议支持： 支持 Stdio 和 SSE 两种 MCP 传输协议。

安装步骤

环境准备： 确保您的系统已安装 Python 3.8 或更高版本以及相应的包管理器（如 pip）。

克隆仓库： 打开终端，运行以下命令克隆项目仓库：

git clone https://github.com/1sustgmboab/nexonco-mcp.git

进入目录： 切换到项目目录：
```
cd nexonco-mcp
```

安装依赖： 运行以下命令安装所有必需的 Python 库。根据项目具体结构，可能是安装项目本身：

pip install .
# 或者检查是否存在 requirements.txt 文件，并使用 pip install -r requirements.txt 进行安装

运行服务器： 根据您希望使用的传输协议运行服务器：

使用 Stdio 传输 (常用于命令行或标准输入输出)：

python -m src.nexonco.server --transport stdio

使用 SSE 传输 (常用于 Web 或 HTTP 连接，默认为 8080 端口)：

python -m src.nexonco.server --transport sse --port 8080

服务器配置 (供 MCP 客户端使用)

要将 NexonCo MCP 服务器连接到您的 MCP 客户端（如 NANDA），您需要根据启动时选择的传输协议进行相应的客户端配置。配置通常以 JSON 格式提供，包含以下关键信息：

服务器名称 (name)： 'nexonco'
启动命令 (command)： Python 解释器的路径 (例如 'python' 或 'python3')
命令参数 (args)： 启动服务器所需的参数列表。
- 对于 Stdio 传输，参数列表应包含 '"-m", "src.nexonco.server", "--transport", "stdio"'。
- 对于 SSE 传输，参数列表应包含 '"-m", "src.nexonco.server", "--transport", "sse", "--port", "<端口号>"' ('<端口号>' 替换为实际使用的端口)。
传输协议 (transport)： '"stdio"' 或 '"sse"'
SSE 地址 (url)： 如果使用 SSE 传输，还需要配置服务器的 HTTP 地址，通常是 '"http://localhost:<端口号>"'。

您的 MCP 客户端将使用这些信息来启动并与 NexonCo 服务器建立通信。

基本使用方法

服务器启动后，您可以通过配置好的 MCP 客户端与之交互。客户端可以识别服务器提供的工具，特别是 'search_clinical_evidence' 工具。

通过客户端调用 'search_clinical_evidence' 工具，并提供例如 'disease_name="Colorectal Cancer"', 'therapy_name="Cetuximab"', 'molecular_profile_name="KRAS"' 等参数，服务器将执行相应的临床证据搜索，并将结构化的报告作为工具调用的结果返回给客户端，供 LLM 使用或展示。

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