关键词

分子建模分子模拟药物发现生物分子Claude AI 工具

使用说明

项目简介

Molecule-MCP 是一个 MCP 服务器实现，专注于分子科学领域。它通过 MCP 协议将各种分子科学软件（如 PyMOL, ChimeraX, Gromacs）的功能封装成 工具 (Tools) 和 资源 (Resources)，使得 Claude AI 等支持 MCP 协议的 LLM 客户端能够直接调用这些工具，执行分子可视化、分子模拟、药物发现等任务。该项目旨在构建一个 AI 辅助的分子科学研究平台，提升科研效率。

主要功能点

  • 连接分子科学软件: 支持 PyMOL, ChimeraX, Gromacs 等多种分子科学软件。
  • MCP 协议: 基于 Model Context Protocol 标准协议开发，易于与支持 MCP 协议的 LLM 客户端集成。
  • 工具 (Tools): 提供一系列预定义的工具，例如：
    • PyMOL: 打开 PyMOL, 运行 PyMOL 命令, 保存图片等。
    • ChimeraX: 打开 ChimeraX, 运行 ChimeraX 命令等。
    • Gromacs Copilot: 初始化 Gromacs 环境, 设置蛋白文件, 运行分子动力学模拟各个阶段 (能量最小化、平衡、生产模拟), 分析模拟结果 (RMSD, RMSF, 回转半径, 配体RMSD, 蛋白配体接触) 等。
  • 资源 (Resources): 提供动态资源，例如个性化问候语 (greeting)。
  • 易于扩展: 模块化设计，方便用户根据需求添加新的分子科学工具和功能。

安装步骤

  1. 安装 Claude Desktop: Molecule-MCP 依赖 Claude Desktop 运行，请确保已安装并运行 Claude Desktop 客户端。
  2. 配置 Claude Desktop: 打开 Claude Desktop，进入 'Settings > Developer > Edit Config > claude_desktop_config.json'，添加 MCP 服务器配置信息。
  3. 安装 mcp 和 chatmol: 
    pip install mcp chatmol
pip install git+https://github.com/ChatMol/gromacs_copilot.git  # 可选，如果需要运行 gromacs_copilot
  4. 查找 mcp 路径: 在终端中运行 'which mcp'，复制输出的 mcp 路径，后续配置需要使用。
  5. 克隆 Molecule-MCP 仓库: 
    git clone https://github.com/ChatMol/molecule-mcp.git
cd molecule-mcp
pwd
    复制 Molecule-MCP 仓库路径，后续配置需要使用。

服务器配置

在 'claude_desktop_config.json' 文件中，'mcpServers' 字段下添加以下服务器配置信息。请将以下配置中的 '/path/to/mcp' 替换为您在安装步骤中找到的 mcp 路径，'/path/to/molecule-mcp' 替换为您克隆的 molecule-mcp 仓库路径。

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/path/to/mcp",  //  mcp 启动命令路径，替换为实际路径
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/pymol_server.py" // pymol 服务器脚本路径，替换为实际路径
      ]
    },
    "chimerax": {
      "command": "/path/to/mcp",  // mcp 启动命令路径，替换为实际路径
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/ChimeraX_server.py" // chimerax 服务器脚本路径，替换为实际路径
      ]
    },
    "gromacs_copilot": {
      "command": "/path/to/mcp",  // mcp 启动命令路径，替换为实际路径
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/gromacs_copilot_server.py" // gromacs copilot 服务器脚本路径，替换为实际路径
      ]
    }
  }
}

配置说明:

  • '"pymol"', '"chimerax"', '"gromacs_copilot"': 服务器名称，在 Claude AI 中用于标识不同的 MCP 服务器。
  • '"command"': 启动 MCP 服务器的命令，通常为 'mcp' 命令的路径。
  • '"args"': 传递给 'mcp' 命令的参数，'run' 参数表示运行指定的 Python 脚本，脚本路径指向各个服务器的 Python 文件。

基本使用方法

配置完成后，重启 Claude Desktop。在 Claude AI 中，您可以通过自然语言指令调用 Molecule-MCP 提供的工具，例如：

  • 与 PyMOL 交互: "在 PyMOL 中打开 1abc.pdb", "保存 PyMOL 当前视图为 image.png"
  • 与 ChimeraX 交互: "在 ChimeraX 中打开 2xyz.pdb", "ChimeraX 中运行命令 color red chain A"
  • 与 Gromacs Copilot 交互: "使用 Gromacs 进行分子动力学模拟", "设置蛋白文件为 protein.pdb", "运行能量最小化", "分析 RMSD 结果"

具体可以使用的工具和指令，请参考各个服务器脚本 ('pymol_server.py', 'ChimeraX_server.py', 'gromacs_copilot_server.py') 中 '@mcp.tool()' 注释的函数描述。

注意: Molecule-MCP 需要用户具备一定的分子科学和相关软件的使用基础。请仔细阅读各个工具的描述和参数，确保正确使用。

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分类

AI与计算

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