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生物医学PubMed药物信息临床试验科研工具

项目简介

这是一个生物医学领域的Model Context Protocol (MCP) 服务器集合，旨在通过标准化的MCP协议，为大型语言模型（LLM）客户端（如支持MCP的AI助手）提供访问各种生物医学数据库和资源的能力。

主要功能点

该集合包含多个独立的MCP服务器，每个服务器专注于提供特定生物医学资源的访问工具：

  • PubMed MCP 服务器:
    • 搜索PubMed文献。
    • 获取特定文献的摘要。
    • 查找相关文献。
    • 按作者搜索文献。
  • BioRxiv/MedRxiv MCP 服务器:
    • 根据DOI获取预印本详细信息。
    • 查找预印本的已发表版本。
    • 获取近期预印本列表。
    • 按日期范围和类别搜索预印本。
  • ClinicalTrials.gov MCP 服务器:
    • 搜索符合特定条件的临床试验。
    • 获取特定临床试验的详细信息。
    • 按疾病状况查找试验。
    • 按地点查找试验。
  • DrugBank MCP 服务器:
    • 按名称搜索药物。
    • 获取特定药物的详细信息。
    • 按适应症查找药物。
    • 按类别查找药物。
    • 获取药物相互作用信息。
  • OpenTargets MCP 服务器:
    • 搜索基因靶点。
    • 获取靶点详细信息。
    • 搜索疾病。
    • 查找疾病-靶点关联。
    • 搜索药物。

这些服务器通过提供结构化的工具，使得AI助手能够理解和执行与生物医学数据相关的复杂任务。

安装步骤

  1. 确保您已安装 Python 3.7 或更高版本。
  2. 克隆或下载此GitHub仓库到您的本地计算机。
  3. 打开终端或命令提示符，导航到仓库的根目录。
  4. 安装所需的依赖库。运行命令： 
    pip install -r requirements.txt
  5. 根据需要配置特定服务器：
    • PubMed: 编辑 'pubmed_mcp.py' 文件，将 'EMAIL' 常量替换为您自己的电子邮件地址（NCBI 要求用于身份识别）。
    • DrugBank: 编辑 'drugbank_mcp.py' 文件，将 'API_KEY' 常量替换为您的 DrugBank API 密钥。
    • 其他服务器可能需要相应的 API 密钥或注册，请查阅各个服务器的文档或代码说明（如果可用）。

服务器配置（供MCP客户端使用）

要将这些MCP服务器与支持MCP的客户端（如Claude for Desktop）连接，您需要在客户端的配置中添加相应的服务器条目。配置信息通常是一个JSON对象，描述如何启动和连接到服务器。

每个服务器都需要配置为一个独立的条目，包括一个内部识别名称（例如 'pubmed-mcp'）、用于启动服务器脚本的命令 ('command') 以及命令所需的参数 ('args')。

例如，对于 Claude for Desktop，您需要编辑其配置文件（通常位于特定路径，如 macOS 的 '~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json' 或 Windows 的 '%AppData%\Claude\claude_desktop_config.json'），并在 '"mcpServers"' 部分添加如下类似的配置块：

  • '"pubmed-mcp"': 配置启动 'pubmed_mcp.py' 脚本。'command' 通常是 'python'，'args' 是脚本的绝对路径。
  • '"biorxiv-mcp"': 配置启动 'bioarxiv_mcp.py' 脚本。注意，此脚本可能需要额外的命令行参数来指定是连接 bioRxiv 还是 medRxiv，例如 '["/绝对/路径/到/bioarxiv_mcp.py", "--server", "biorxiv"]' 或 '["/绝对/路径/到/bioarxiv_mcp.py", "--server", "medrxiv"]'。
  • '"clinicaltrials-mcp"': 配置启动 'clinicaltrialsgov_mcp.py' 脚本。
  • '"drugbank-mcp"': 配置启动 'drugbank_mcp.py' 脚本。
  • '"opentargets-mcp"': 配置启动 'opentargets_mcp.py' 脚本。

重要提示: 在配置中使用的脚本路径必须是您本地文件系统中该脚本的绝对路径。配置完成后，重启您的MCP客户端以加载新的服务器。

基本使用方法

启动MCP服务器（通常由MCP客户端自动启动，无需手动运行脚本）并配置好客户端后，您就可以在AI助手界面中通过自然语言提问来利用这些服务器提供的功能。AI助手会识别问题是否需要调用特定的MCP工具，然后通过MCP协议向相应的服务器发送请求，并将服务器返回的结果呈现给您。

例如，您可以尝试以下类型的查询：

  • "查找关于 CRISPR 基因编辑治疗癌症的最新研究" (使用 PubMed 工具)
  • "告诉我 PMID 为 34567890 的文章摘要" (使用 PubMed 工具)
  • "上周关于 COVID-19 的预印本有哪些？" (使用 BioRxiv/MedRxiv 工具)
  • "目前有哪些针对阿尔茨海默病的临床试验正在招募？" (使用 ClinicalTrials.gov 工具)
  • "请提供关于二甲双胍 (metformin) 的详细信息" (使用 DrugBank 工具)
  • "与帕金森病相关的靶点有哪些？" (使用 OpenTargets 工具)

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