项目简介

GenomicsGPT是一个基于AI多智能体系统的基因组变异解读平台，通过集成Azure OpenAI、LangChain和ClinVar真实数据，提供生产级的RAG（检索增强生成）系统。其内置的MCP服务器模块，专门用于向LLM客户端提供基因组相关的工具和服务，支持变异查询和基因变异分析，帮助AI模型理解和处理复杂的基因组信息。

主要功能点

工具发现: 自动列出服务器所有可用的基因组分析工具，方便LLM客户端集成和使用。
标准化工具调用: 提供统一的接口（'/mcp/invoke'）来调用基因组分析功能，简化AI模型与后台服务的交互。
基因组数据查询: LLM客户端可以通过调用工具查询基因变异数据库，获取特定变异的详细信息。
基因相关变异分析: 支持通过工具查询某个特定基因下的所有相关变异数据。
服务健康监控: 监控MCP服务器的运行状态，确保服务的稳定性和可用性。
交互式API文档: 提供Swagger UI ('/docs' 路径)，方便开发者查看所有可用的工具、API接口及其使用说明。

安装步骤

克隆仓库:

git clone https://github.com/manveenmeng/AI-Powered-Multi-Agent-System-for-Genomic-Variant-Interpretation.git
cd AI-Powered-Multi-Agent-System-for-Genomic-Variant-Interpretation

创建并激活Python虚拟环境:

python -m venv venv
source venv/bin/activate  # 在Windows系统上，请运行：venv\Scripts\activate

安装依赖:

pip install -r requirements.txt

准备数据 (二选一):

使用示例数据 (快速启动):

python scripts/create_sample_data.py

下载完整的ClinVar数据:

python scripts/download_clinvar.py
# 如果您使用Azure服务，请运行以下命令上传数据：
# python scripts/upload_to_azure.py

服务器配置

MCP客户端需要配置GenomicsGPT MCP服务器的启动命令和参数才能建立连接。以下是配置示例：

{
  "server_name": "GenomicsGPT MCP Server",
  "command": "python",
  "args": ["src/mcp/mcp_server.py"],
  "description": "提供基因组变异解读的上下文服务，包含变异查询和基因变异分析工具。"
}

server_name: 服务器的名称，用于客户端识别。
command: 启动MCP服务器的命令，这里是 'python'。
args: 传递给启动命令的参数，这里是执行 'src/mcp/mcp_server.py' 脚本。
description: 服务器功能的简要描述，帮助客户端理解其提供的服务。

基本使用方法

在完成安装和数据准备后，可以启动MCP服务器。

启动MCP服务器: 在终端中运行：
```
python src/mcp/mcp_server.py
```
服务器将在 'http://localhost:8000' 端口监听请求。
访问交互式API文档: 在浏览器中打开 'http://localhost:8000/docs' 可以查看所有可用的工具和API接口，包括 'variant-lookup' 和 'gene-variants' 等。

通过MCP客户端调用工具: MCP客户端将通过JSON-RPC协议连接到此服务器。例如，客户端可以发送请求调用 'variant-lookup' 工具来查询特定变异信息，或调用 'gene-variants' 工具获取某个基因的所有变异。

（示例：使用 'curl' 模拟调用 'variant-lookup' 工具查询BRCA1变异，实际MCP客户端将以标准化的JSON-RPC请求格式进行通信。）

curl -X POST "http://localhost:8000/mcp/invoke" \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{
    "tool_name": "variant-lookup",
    "parameters": {"variant_id": "BRCA1"}
  }'

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