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项目简介
- 该项目实现了一个完整的 MCP 服务器端，用于在 Cytoscape Desktop 中暴露资源、工具和提示模板等能力，LLM 客户端（如 Claude Desktop、Copilot 等）可通过 JSON-RPC 与之交互，执行加载网络、分析网络、应用布局等操作，获取必要的上下文信息以驱动对 Cytoscape 的控制与推理。
主要功能点
- MCP 请求/响应处理：实现标准的 MCP JSON-RPC 请求与响应处理，支持初始化、工具调用、通知、流式响应等场景。
- 资源与数据访问：提供对 Cytoscape 网络、节点、边等资源的读取能力，便于 LLM 客户端获取上下文。
- 工具注册与执行：预注册多种工具（如 LoadNetworkViewTool、GetLoadedNetworkViewsTool、ApplyLayoutTool 等），支持工具调用、参数传递、执行任务并返回结果。
- Prompts/模板渲染支持：通过工具的输入/输出模式以及 JSON Schema，支持对话式交互中的提示模板和结构化输出。
- 会话管理与传输协议：实现会话创建、维护与关闭，支持流式传输（text/event-stream）、标准 HTTP JSON 响应等传输模式。
- 服务端健壮性：包括健康检查、错误处理、请求校验、异步任务执行以及对服务器关闭的优雅处理。
安装步骤
- 先决条件
  - Java 17 及以上运行环境。
- 构建与打包
  - 使用项目自带的构建脚本（如 Gradle）进行编译打包，生成用于 Cytoscape 插件打包的可部署产物（通常是一个 App JAR）。
- 安装到 Cytoscape
  - 打开 Cytoscape Desktop。
  - 进入 Apps（应用）> App Manager（应用管理）> Install from File，选择构建产物的 JAR 文件并安装。
  - 重启 Cytoscape（若提示需要）。安装完成后，MCP 服务将作为 Cytoscape 插件在 /mcp 端点暴露。
服务器配置（MCP 客户端需要的配置信息，用于连接到 MCP 服务器）
- 服务器名称（server_name）：Cytoscape MCP Desktop
- 启动命令（command）：嵌入式部署方式（MCP 服务器作为 Cytoscape App 运行在 Cytoscape 内部，无独立外部进程启动命令）
- 参数（args）注释说明（请按需要在客户端填写相关字段）：
  - endpoint: http://localhost:1234/mcp
    - 这是 MCP 服务器对外暴露的端点地址，基于 Cytoscape 的 CyREST 端口。默认端口在测试环境中为 1234，请以实际运行时的 CyREST 端口为准。
  - transport: streaming_http
    - 指定传输模式为流式传输（MCP 的文本事件流格式，适用于持续交互）。
  - protocol_versions: [ "2024-11-05", "2025-03-26", "2025-06-18", "2025-11-25" ]
    - MCP 协议版本集合，客户端可根据自身能力选择或协商使用的版本。
- 注：由于该 MCP 服务器是嵌入在 Cytoscape App 中运行，客户端无需向服务器发起独立的“启动命令”；客户端只需要知道端点地址和传输方式即可建立连接。
基本使用方法
- 启动并连接
  - 安装并启动 Cytoscape，确保 MCP 插件已加载并正在运行。
  - 以支持的 MCP 客户端（如 Claude Desktop 等）配置连接信息，指向 http://localhost:1234/mcp，使用流式传输进行会话。
- 交互流程
  - 客户端发送初始化握手，请求服务器能力、版本等信息。
  - 客户端请求工具列表、资源信息、Prompts/模板等，服务器返回对应的 JSON-RPC 回复。
  - 如需持续交互，客户端可通过流式响应接收工具输出、事件通知等。
- 故障排查
  - 通过 Cytoscape 端的 MCP 状态指示查看服务器是否正在运行（MCP 按钮颜色变化）。
  - 使用 MCP 的内建诊断（如 /mcp/manifest、/mcp 等）验证当前注册的工具、能力、以及服务端状态。
额外信息
- 该实现包含一系列工具的完整注册与实现，以及用于测试的 InMemoryTransport 测试用例，确保 MCP 服务器端在实际使用中的行为符合预期。

Cytoscape MCP 服务器

服务器信息