使用说明

项目简介

bioRxiv MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的服务器，旨在为AI助手提供一个标准化的接口，使其能够轻松搜索和访问 bioRxiv 预印本平台的论文资源。通过此服务器，AI助手可以检索生物学领域的最新研究，获取论文元数据，并支持更深入的学术研究分析。

主要功能点

论文搜索: 支持关键词搜索和高级搜索，快速查找 bioRxiv 上的论文。
元数据获取: 检索特定论文的详细元数据信息，如标题、作者、摘要、DOI等。
研究辅助: 为生物科学研究提供数据支持，方便AI助手进行文献综述、趋势分析等任务。
工具集成: 通过 MCP 协议提供标准化的工具接口，易于集成到各类支持 MCP 的AI客户端。

安装步骤

克隆仓库

git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
cd bioRxiv-MCP-Server

安装依赖

确保已安装 Python 3.10 或更高版本。然后使用 pip 安装项目依赖：
```
pip install -r requirements.txt
```

服务器配置

要使 MCP 客户端（如 Claude Desktop, Cursor, Windsurf, CLine 等）连接到 bioRxiv MCP Server，您需要在客户端的配置文件中添加服务器配置信息。以下是一些常见客户端的配置示例：

Claude Desktop 配置 (Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {  // 服务器名称，可以自定义
      "command": "python", // 启动服务器的命令
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"] // 启动命令的参数，这里指定运行 biorxiv-mcp-server 模块
      }
  }
}

Claude Desktop 配置 (Windows)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {  // 服务器名称，可以自定义
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe", // Python 解释器路径，请替换为您的实际路径
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server" // 启动命令的参数，这里指定运行 biorxiv-mcp-server 模块
      ]
    }
  }
}

Cline 配置 (Linux/macOS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {  // 服务器名称，可以自定义
      "command": "bash", // 使用 bash 启动
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py" // 组合命令，先激活虚拟环境，再运行服务器脚本。请替换为您的实际路径
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

注意:

请根据您的操作系统和 Python 安装路径，调整 'command' 和 'args' 配置。
如果使用虚拟环境，请确保在 'command' 和 'args' 中正确配置虚拟环境的激活和脚本路径。
'server name' (例如 "biorxiv") 可以自定义，用于在客户端中标识该服务器。

基本使用方法

启动服务器

在项目根目录下，运行以下命令启动 bioRxiv MCP Server：
```
python biorxiv_server.py
```
服务器成功启动后，会监听 MCP 客户端的请求。
在 MCP 客户端中使用

配置完成后，在支持 MCP 的 AI 客户端中，您可以使用以下工具来访问 bioRxiv 资源：
- 'search_biorxiv_key_words': 使用关键词搜索 bioRxiv 论文。
- 'search_biorxiv_advanced': 进行高级搜索，可指定标题、作者、摘要等字段。
- 'get_biorxiv_metadata': 通过 DOI 获取指定论文的详细元数据。
例如，在 Claude 中，您可以提问：
```
@biorxiv search_biorxiv_key_words key_words="genomics" num_results=5
```
或
```
@biorxiv get_biorxiv_metadata doi="10.1101/2024.06.25.600517"
```
AI 助手将会调用 bioRxiv MCP Server 提供的工具，并将结果返回给您。

关键词