Bio-OS MCP Server 使用说明

项目简介

Bio-OS MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的服务器，旨在为 Bio-OS 生态系统提供强大的后端支持。它主要用于管理生物信息工作流和 Docker 镜像，使得用户可以通过集成了 MCP 协议的 LLM 客户端（如 CLINE 扩展）方便地进行生物信息分析和应用开发。

主要功能点

工作流管理:
- 提交、监控和管理生物信息工作流。
- 支持上传和验证 WDL (Workflow Description Language) 工作流脚本。
- 能够生成工作流输入文件模板，简化参数配置过程。
Docker 镜像管理:
- 构建 Docker 镜像，用于封装生物信息分析工具。
- 监控 Docker 镜像构建状态和查看构建日志。

安装步骤

本地安装 (适用于本地 VSCode 环境)

安装 prerequisite:

确保已安装 Python 包管理器 'uv' 和工作流执行引擎 'Cromwell'。

pip install uv
brew install cromwell

克隆仓库:

从 GitHub 克隆 Bio-OS MCP Server 仓库到本地。

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

云端安装 (适用于 Miracle Cloud Code Server 环境)

启动 IES 实例:
- 在 Miracle Cloud 中启动 IES 实例，使用预配置的 Docker 镜像 'registry-vpc.miracle.ac.cn/infcprelease/iespro:250217'。
打开 VSCode:
- 选择 "Open with VSCode" 进入云端开发环境。

服务器配置

要将 Bio-OS MCP Server 集成到 MCP 客户端（例如 VSCode 的 CLINE 扩展），您需要配置 MCP 服务器连接信息。以下是针对本地安装的配置示例，您需要根据实际安装路径进行调整。

CLINE 扩展 MCP 服务器配置 (JSON 格式)

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {  // 服务器名称，可以自定义，例如 "bioos"
      "command": "path/to/uv",  // uv 命令的绝对路径，例如 "/Users/your_username/.local/bin/uv"
      "args": [ // 启动服务器的参数列表
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server", // Bio-OS MCP Server 仓库的绝对路径，例如 "/Users/your_username/bioos-mcp-server"
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py" // 服务器启动脚本的绝对路径，例如 "/Users/your_username/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": { // 环境变量配置
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src" //  src 目录的绝对路径，例如 "/Users/your_username/bioos-mcp-server/src"
      }
    }
  }
}

配置步骤

打开 MCP 客户端的设置界面（以 CLINE 扩展为例）。
找到 MCP 服务器配置项。
将上述 JSON 配置信息填入，并根据您的实际路径修改 'command', 'args', 和 'env' 中的路径。
检查服务器状态，确保连接状态为绿色 (已连接)。

云端 Code Server 环境配置

云端环境通常已预配置好 Bio-OS MCP Server，您只需要在 CLINE 扩展中配置您的 LLM 模型凭据，并验证 MCP 服务器连接状态即可。

基本使用方法

连接 MCP 服务器: 确保 MCP 客户端已正确配置并连接到 Bio-OS MCP Server。
使用 Tools 和 Prompts: 通过 MCP 客户端的功能列表或命令，调用 Bio-OS MCP Server 提供的 Tools (例如 'submit_workflow', 'build_docker_image') 来执行工作流管理和 Docker 镜像构建任务。
Prompt 提示: 虽然 CLINE 扩展目前可能不支持 MCP Prompts 的直接渲染，但您可以参考 'bioos-mcp-prompt.md' 文件中的 Prompt 内容，并将其复制到 CLINE 扩展的自定义指令 (Custom Instructions) 中，以获得更佳的交互体验和操作指导。

通过以上步骤，您就可以开始使用 Bio-OS MCP Server 提供的各项功能，提升您的生物信息分析和应用开发效率。

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