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项目简介

BioMCP (Biomedical Model Context Protocol) 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的服务器，旨在为大型语言模型 (LLM) 提供对关键生物医学数据库的结构化访问。通过 BioMCP，LLM 客户端可以方便地查询和检索最新的生物医学信息，从而增强其在生物医学领域的应用能力。

主要功能点

生物医学数据访问: 提供对 PubMed、ClinicalTrials.gov 和 MyVariant.info 等重要生物医学数据库的访问接口。
文章检索: 允许 LLM 检索 PubMed 数据库中的研究文章，支持关键词、基因、疾病和变异等多种查询条件，并返回文章的标题、摘要等信息。
临床试验查询: 允许 LLM 查询 ClinicalTrials.gov 数据库中的临床试验信息，支持通过疾病、药物、试验阶段等条件进行筛选。
变异信息查询: 允许 LLM 查询 MyVariant.info 数据库中的基因变异信息，包括变异的注释、临床意义和频率等。
Markdown 格式输出: 服务器返回的数据以易于 LLM 理解和处理的 Markdown 格式呈现。

安装步骤

BioMCP 可以通过多种方式安装：

通过 Smithery 安装 (适用于 Claude Desktop): 如果您使用 Claude Desktop 等 MCP 客户端，可以通过 Smithery 快速安装 BioMCP。在终端中运行以下命令：

npx -y @smithery/cli install @genomoncology/biomcp --client claude

作为 Python 包安装: 如果您希望将 BioMCP 作为 Python 包或命令行工具使用，可以使用 pip 或 uv 进行安装。推荐使用 uv 以获得更快的安装速度：
```
pip install biomcp-python
```
或
```
uv pip install biomcp-python
```

服务器配置

要将 BioMCP 配置为 MCP 服务器供客户端使用，您需要在 MCP 客户端中添加服务器配置信息。以下是一个 JSON 格式的配置示例，通常在 MCP 客户端的配置文件中 (例如 Claude Desktop 的 settings.json) 进行配置：

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "uv", // 启动服务器的命令，这里假设 uv 可执行文件在您的 PATH 中
      "args": ["run", "--from", "biomcp-python", "biomcp", "run"] // 启动 BioMCP 服务器的参数
      // 如果 uv 不在 PATH 中，您需要提供 uv 可执行文件的完整路径，例如：
      // "command": "/Users/your_username/.local/bin/uv"
    }
  }
}

注意: 'command' 和 'args' 字段需要根据您的 Python 环境和 BioMCP 的安装方式进行调整。请确保 'uv' (或您使用的 Python 运行环境) 命令以及 'biomcp-python' 包已正确安装且可执行。

基本使用方法

安装并配置 BioMCP 服务器后，您可以在 MCP 客户端中使用自然语言指令来利用 BioMCP 的功能。客户端会将您的指令转换为 MCP 请求发送给 BioMCP 服务器，服务器处理请求后返回结果。

例如，在 Claude Desktop 中，您可以直接提问：

"Search articles about lung cancer and immunotherapy" (检索关于肺癌和免疫疗法的文章)
"Find clinical trials for breast cancer, phase 3" (查找乳腺癌的 III 期临床试验)
"What is known about BRAF V600E variant?" (BRAF V600E 变异有哪些已知信息？)

MCP 客户端会将这些问题转化为对 BioMCP 服务器的工具调用，并返回结构化的生物医学信息。

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