关键词

蛋白质结构分析生物医学研究蛋白质数据库活性位点疾病蛋白质

BioMCP 使用说明

项目简介

BioMCP 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 构建的服务器，旨在为大型语言模型 (LLM) 提供蛋白质结构分析能力。它通过提供专业的工具，使得 LLM 能够访问和利用蛋白质结构领域的知识，从而在生物医学研究与开发中发挥更大的作用。

主要功能点

  • 活性位点分析: 通过蛋白质数据库 (PDB) ID，深入分析蛋白质的活性位点，揭示关键功能残基。
  • 疾病蛋白质搜索: 根据疾病或医学条件，快速查找相关的蛋白质结构信息。
  • 集成数据访问: 无缝对接 RCSB 蛋白质数据库 (PDB)，确保数据来源的权威性和实时性。

安装步骤

  1. 克隆仓库 
    git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git
  2. 进入项目目录 
    cd bio-mcp
  3. 安装依赖 
    npm install
  4. 构建服务器 
    npm run build

服务器配置

要将 BioMCP 服务器与 MCP 客户端（例如 Claude Desktop）连接，您需要配置客户端以启动 BioMCP 服务器。以下是一个 JSON 格式的配置示例，您需要将其添加到 MCP 客户端的配置文件中（通常是 'config.json' 文件）：

{
  "mcpServers": {
    "bio-mcp": {
      "command": "node",  // 启动服务器的命令，这里使用 Node.js 运行时
      "args": [
        "/path/to/your/bio-mcp/build/index.js" // 服务器入口文件路径，请替换为您的实际路径
      ]
    }
  }
}

请注意：

  • 将 '/path/to/your/bio-mcp' 替换为您克隆 'bio-mcp' 仓库的实际本地路径。
  • 'command' 指定了运行服务器的命令，通常为 'node'。
  • 'args' 是一个字符串数组，包含了传递给 'command' 的参数。这里指定了服务器入口文件 'build/index.js' 的绝对路径。

基本使用方法

成功配置并启动 BioMCP 服务器后，您可以通过 MCP 客户端向服务器发送请求，利用其提供的工具。例如，在支持 MCP 协议的 LLM 应用中，您可以提问如下问题：

  • “PDB 结构 6LU7 的活性位点有哪些关键残基？” (对应 'analyze-active-site' 工具)
  • “查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质。” (对应 'search-disease-proteins' 工具)

LLM 应用将调用 BioMCP 服务器的工具，并返回结构化的蛋白质分析结果。

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分类

AI与计算

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